yaoyuan0711 发表于 2026-1-6 11:00
谢谢老师。问个题外话，为什么NPT系综完成后，还要用NVT采样呢？直接对NPT采样有什么问题？

一般不需要特意切换成NVT，除非算的某些问题就是不兼容MD过程中盒子尺寸发生变化

sobereva 发表于 2026-1-6 00:53
你这不算是“周期性”的震荡，本来NPT计算压力就不可能不震荡。体系越小震荡幅度越大

谢谢sob老师

Myth 发表于 2026-1-5 11:22
1. 模拟时间看起来有点短，只有0.3 ns，可以延长一下看看压力的情况，振幅看起来是在变小的；另外MD过程中 ...

谢谢老师。问个题外话，为什么NPT系综完成后，还要用NVT采样呢？直接对NPT采样有什么问题？

你这不算是“周期性”的震荡，本来NPT计算压力就不可能不震荡。体系越小震荡幅度越大

1. 模拟时间看起来有点短，只有0.3 ns，可以延长一下看看压力的情况，振幅看起来是在变小的；另外MD过程中温度和压力有波动非常正常；
2. 控压方法有好几种，在gromacs的手册或者安装路径有详细的说明，可以进行测试，旧版本的说明文件路径供参考：gromacs-4.6.7/share/gromacs/html/online/mdp_opt.html；
3. 控压的npt进行一段时间，模拟体系稳定后，可以考虑后续的计算采用nvt系综的，蛮多文献是这么操作的。不过也要看自己的模拟系统，不能盲从。