1 楼上说的“通常是一个常数(或近似常数)的校正项” 容易引起歧义。注意这个项不是与体系无关的常数,而是依赖于体系的,计算原理在北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)我专门讲过:
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供参考。 1. disper.-corr:这是色散校正(Dispersion correction)能量。在分子动力学模拟中,为了处理长程的范德华相互作用(通常使用Lennard-Jones势),通常会设置一个截断距离(cut-off)。但是,超过截断距离的范德华相互作用仍然存在,并且对于均匀体系(如液体),这部分能量可以通过解析方法进行校正,即色散校正。因此,disper.-corr就是为了校正由于截断而忽略的长程范德华相互作用而引入的。它通常是一个常数(或近似常数)的校正项,加到总能量中。 2. Coul.-recip.:这是库仑相互作用的 reciprocal space 部分的能量。在处理长程库仑相互作用时,GROMACS通常使用粒子网格Ewald(PME)方法。PME方法将库仑相互作用分为两部分:实空间部分(short-range)和倒空间部分(long-range)。实空间部分在截断距离内直接计算,而倒空间部分则通过快速傅里叶变换(FFT)在网格上计算。Coul.-recip. 就是指倒空间部分的能量。另外,库仑相互作用还有一个实空间部分,通常称为"Coul.-SR"(或类似名称)。因此,总库仑能量是实空间部分和倒空间部分之和。 |
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