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发布时间: 2026-1-5 18:15
正文摘要:本帖最后由 谢却人间事 于 2026-1-6 09:11 编辑 我在计算一个108分子的柔性结构时，学习模仿了使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索此文中的方法。先用用xtb在GFN0-xTB下作动力学模 ... |
sobereva 发表于 2026-1-6 01:51 谢谢老师的建议！我会学习后再尝试一下，原文也已经编辑加上了em=GD3BJ的描述，我之后会注意这个问题的。 |
yuchuanxu 发表于 2026-1-5 22:40 好的好的，谢谢你提供的思路，我会尝试一下的！ |
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你用tight收敛限，又是柔性体系，优化达到收敛所需的步数自然很多。甭带着int=fine。本来tight和int=fine就是极为冲突的 写scale=0.9829完全多余。当前这种含低频的高度柔性体系一定要让molclus调用Shermo用准RRHO模型算自由能，看下文了解相关知识 使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据 http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html） 描述问题要准确，当前明明带了em=GD3BJ关键词，不能说成B3LYP/6-31G* |
| 第一，ECD是差分光谱，本身要对上就非常困难，先看一下吸收光谱是否可以对上，吸收光谱基本上可以对上之后再看一下ECD谱能否对上，可以更换泛函看一下；第二， 看一下你关心的CD信号主要出现在多少能量范围，因为你这含有显著肽键的结构，类似与多肽，可能存在激子激子导致的ECD信号，这个范围180-220nm, 两个苯基之间也可能导致激子激子之间相互作用，进而产生ECD信号。 |
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