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求助各位大佬，我的分子动力学模拟修复和不修复蛋白都跑不通AMBER力场

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书梓扬

发布时间: 2026-1-5 18:39

正文摘要:

现在问题是不修复蛋白，蛋白的拓扑文件构建失败，但是如果修复蛋白的话在能量最小化的时候会失败这是失败的指令：D:\autodock\benfagromacs>gmx mdrun -v -deffnm em & ...

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书梓扬 发表于 Post on 2026-1-6 21:04:04

sobereva 发表于 2026-1-6 01:21
肉眼检查结构，确保修复完之后的结构合理性
并且认真看产生拓扑文件整个过程的所有程序提示信息，所有warn ...

大佬你看182号原子说是和别的原子离得太近，这种情况怎么辨别啊

书梓扬 发表于 Post on 2026-1-6 20:50:11

sobereva 发表于 2026-1-6 01:21
肉眼检查结构，确保修复完之后的结构合理性
并且认真看产生拓扑文件整个过程的所有程序提示信息，所有warn ...

大佬这个肉眼怎么观察啊，有没有推荐的自动化的软件啊，专门做amber力场的

书梓扬 发表于 Post on 2026-1-6 20:49:17

Myth 发表于 2026-1-5 21:35
你的能量最小化的提醒信息有说，This usually means atoms are overlapping，看起来就是有两个或以上原子离 ...

是的非常感谢大佬地回复，错误信息指出原子182（ASP 182的N原子）受力无限大。这通常意味着原子182与附近某个原子距离太近，导致范德华力无穷大。大佬我后来用了charmm-gui网站里的蛋白修复解决这个问题了，但是charmm-gui这个网站里要求自己写二硫键，大佬有没有专用来修复蛋白做amber的软件啊（自动修复的那种）我是一个计算机小白

sobereva 发表于 Post on 2026-1-6 01:21:59

肉眼检查结构，确保修复完之后的结构合理性
并且认真看产生拓扑文件整个过程的所有程序提示信息，所有warning都要留意

Myth 发表于 Post on 2026-1-5 21:35:59

你的能量最小化的提醒信息有说，This usually means atoms are overlapping，看起来就是有两个或以上原子离得太近了，可以写脚本，或者把构型所有原子的xyz坐标导入到excel里面排序，找到离得太近的原子，然后再根据具体情况来判断怎么处理。

书梓扬 发表于 Post on 2026-1-5 18:40:53

我使用的是spdbv修复的，求各位大佬给小弟看看怎么解决，被卡了一周了快烦死了

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