sobereva 发表于 2026-1-20 13:04
需比反应物分子大一圈，至少三层。建出来是多少原子就是多少原子

谢谢sob老师

duan1007 发表于 2026-1-20 10:36
请问sob老师，用团簇处理的话一般考虑多少个原子

需比反应物分子大一圈，至少三层。建出来是多少原子就是多少原子

sobereva 发表于 2026-1-6 23:18
就加入一个锌原子的话，如果审稿人不是完全的外行，并且审稿人稍微有责任心的话，这种做法根本糊弄不过去 ...

请问sob老师，用团簇处理的话一般考虑多少个原子

wzkchem5 发表于 2026-1-7 09:23
可以算一下Co(III)/Co(II)的氧化还原电位，和实验的Zn(II)/Zn(0)电位比较，证明可以还原。Zn(II)/Zn(0)的 ...

好的老师，感谢老师提供方法。

zzzd 发表于 2026-1-7 09:02
十分感谢老师。请问可以把这一步的过渡态忽略掉，一笔带过它是一个锌单质还原三价钴的过程，不去详细讨论 ...

可以算一下Co(III)/Co(II)的氧化还原电位，和实验的Zn(II)/Zn(0)电位比较，证明可以还原。Zn(II)/Zn(0)的过电位不大，Zn在热力学上能还原的物质，动力学上一般都能还原

sobereva 发表于 2026-1-6 23:18
就加入一个锌原子的话，如果审稿人不是完全的外行，并且审稿人稍微有责任心的话，这种做法根本糊弄不过去 ...

十分感谢老师。请问可以把这一步的过渡态忽略掉，一笔带过它是一个锌单质还原三价钴的过程，不去详细讨论它的还原过渡态吗？即，从中间体II直接连接中间体III，再连接后续反应过程。这种方式可行吗？
谢谢老师连续两天的解答。

zzzd 发表于 2026-1-6 09:37
谢谢老师解答。老师，这个体系在高斯计算加锌步骤的过渡态时，是否可以直接加入锌原子或锌离子？后续能量 ...

就加入一个锌原子的话，如果审稿人不是完全的外行，并且审稿人稍微有责任心的话，这种做法根本糊弄不过去。PS：就加入一个原子，只可能在算单原子催化的时候在有限的条件下适用
加锌离子也没有任何道理，明明说的是锌单质

Daniel_Arndt 发表于 2026-1-6 10:29
我之前有同学算的时候查了一下金属锌单质的还原电势，然后凑了个数字。对于有机化学家来说，他只需要知道那 ...

感谢老师提供方法。

我之前有同学算的时候查了一下金属锌单质的还原电势，然后凑了个数字。对于有机化学家来说，他只需要知道那一步是锌粉还原就够了，很少有人愿意深究其中的机理。

sobereva 发表于 2026-1-6 01:18
对于Zn金属表面反应，建议用CP2K等第一性原理程序计算。顺带一提，CP2K算图中不涉及Zn的反应也完全可以，而 ...

谢谢老师解答。老师，这个体系在高斯计算加锌步骤的过渡态时，是否可以直接加入锌原子或锌离子？后续能量计算时又该如何计算锌原子能量呀？

对于Zn金属表面反应，建议用CP2K等第一性原理程序计算。顺带一提，CP2K算图中不涉及Zn的反应也完全可以，而且还能支持到较高精度的双杂化泛函，因此可以CP2K一个程序算完整个过程，免得中途换程序。学过北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）后就具备了这样的能力。

用Gaussian等量子化学程序把Zn当成团簇模型算虽然原理上也可行，但是耗时高，又无法理想考虑周期性。