请问产生相用PR压浴时间常数为0.1计算出来的结果是正确的吗？

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发布时间: 2026-1-6 12:57

本帖最后由 DimplesLL 于 2026-1-6 14:43 编辑各位老师好，我用GMX对体系进行能量最小化后，进行了nvt、npt和产生相(prod)模拟，发现nvt阶段温度平衡后，npt和prod阶段的温度又上升了，如图一。后面增大npt压 ...

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DimplesLL 发表于 Post on 2026-1-8 22:14:27

sobereva 发表于 2026-1-7 17:32
deform这种问题绝对不能用PR。本来PR就只适合已经达到平衡的体系的模拟。C-rescale用不了的时候也应该用B ...

好的谢谢老师解答，我尝试一下

ljh123 发表于 Post on 2026-1-8 01:19:06

gromacs不清楚，文献中lammps里P-R压浴时间常数大多都用1ps

sobereva 发表于 Post on 2026-1-7 17:32:17

DimplesLL 发表于 2026-1-7 13:47
非常感谢老师回复，我的压浴使用PR是因为在prod阶段设置deform计算应力应变曲线，如果用C-rescale，压浴 ...

deform这种问题绝对不能用PR。本来PR就只适合已经达到平衡的体系的模拟。C-rescale用不了的时候也应该用Berendsen

DimplesLL 发表于 Post on 2026-1-7 13:47:40

sobereva 发表于 2026-1-7 04:29
直接做NPT，先做NVT完全多余
压浴直接用c-rescale，省得中途切换。有了更理想的c-rescale后没必要用PR了

非常感谢老师回复，我的压浴使用PR是因为在prod阶段设置deform计算应力应变曲线，如果用C-rescale，压浴不能设置各向异性，也就不能用deform了。老师，用C-rescale，是不是还有别的方法计算体系某个方向的应力应变曲线？

sobereva 发表于 Post on 2026-1-7 04:29:17

直接做NPT，先做NVT完全多余
压浴直接用c-rescale，省得中途切换。有了更理想的c-rescale后没必要用PR了

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