我没时间具体看你的文件，只能告诉你如果你不恰当定义[intermolecular_interaction]，那么蛋白质和簇之间就只有非键作用。如果要指定化学键作用，就必须靠[intermolecular_interaction]在不同[moleculetype]对应分子之间添加成键相关的项。