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双卡4090D，GPU0正常速度，GPU1速度只有前面的三分之二左右

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zep

发布时间: 2026-1-12 20:24

正文摘要:

本帖最后由 zep 于 2026-1-13 01:09 编辑请教各位老师，双卡4090D跑模拟，GPU0正常速度，GPU1速度只有前面的三分之二左右，具体配置见下图，计算指令，没有绑定CPU核心：gmx mdrun -v -deffnm md -ntmpi 1 -nt ...

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zep 发表于 Post on 2026-1-13 15:14:24

r1ck 发表于 2026-1-13 11:58
可能是两个PCIE插槽速率不同。
这个主板规格：扩展插槽 1 * PCI-E® 4.0 x16 / 1 * PCI-E® 4.0 x ...

感谢回答，感觉你这个是正解，另一台主机双卡，另一个服务器主板无这种情况，而且CPU绑定问题不会影响如此严重，感谢，下次配机需要自己注意一些了

r1ck 发表于 Post on 2026-1-13 11:58:42

本帖最后由 r1ck 于 2026-1-13 12:06 编辑

可能是两个PCIE插槽速率不同。
这个主板规格：扩展插槽 1 * PCI-E® 4.0 x16 / 1 * PCI-E® 4.0 x4 / 1 * PCI-E® 3.0 x2
第一个插槽PCI-E® 4.0 x16 走的CPU，下面两个走的主板的FCH

zep 发表于 Post on 2026-1-13 01:05:28

JinxrDK 发表于 2026-1-12 21:33
没看懂你是不是要同时跑两个任务，要是同时跑的话我建议用taskset -c 0,2,4,6,8,10 gmx ... -gpu_id 0和 ta ...

感谢回答，我是打算同时跑两个任务，其中一个比较慢，后面发现单独用GPU1显卡速度还是慢，同样单独使用GPU0无异常，相同的指令任务，GPU设备不同

JinxrDK 发表于 Post on 2026-1-12 21:33:18

没看懂你是不是要同时跑两个任务，要是同时跑的话我建议用taskset -c 0,2,4,6,8,10 gmx ... -gpu_id 0和 taskset -c 1,3,5,7,9,11 gmx ... -gpu_id 1指定使用的核心

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