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求助跑MMGBSA算结合能，结果是正值

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xiaocao37861663

发布时间: 2026-1-14 18:56

正文摘要:

求助：本人新手小白，刚在做分子动力学模拟，今天跑MMGBSA，最后的结果是正值，导出轨迹用pymol看，组里人说是周期性问题，小分子配体像是会跑到盒子边缘又被拉回。跑MD跑了500ns，做MMGBSA用的30000-50000帧，提取8 ...

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sobereva 发表于 Post on 2026-1-15 01:27:00

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “MMGBSA结合能” 改了，以后务必注意！

xiaocao37861663 发表于 Post on 2026-1-14 21:21:16

谢谢0618，我刚才用autoimage 处理再导出轨迹，pymol看了，不跑了，我用这个轨迹再跑一下MMPBSA试试，非常感谢！

student0618 发表于 Post on 2026-1-14 19:40:05

1. MMPBSA 是要至少100帧的。
2. Amber可以直接跑MMPBSA不用先处理轨迹。
3. 显示问题 cpptraj 用autoimage 处理再导出轨迹

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