Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-3-23 16:50
现在 toolchain 生成的 setup 文件的环境变量应该还是有点问题。比如，我用 --with-elpa=install 等选项 ...

因为INCLUDE_PATHS这个变量集不包含每个程序各自的include路径。通常这些路径会被包含在CPATH中，但我刚简单尝试了一下，从toolchain.env载入相应的CPATH环境变量后相应命令仍然无效，原因我不清楚。

可以效仿fftw3/openblas/scalapack里面的做法，先根据库文件位置（库文件可以被正确找到）定位到安装目录，到这里基本可以解决--with-elpa=system的问题。然后可以进一步，往INCLUDE_PATHS里面添加相应路径之后再进行后续操作，以添加其他程序可能需要的CFLAGS；但是一个问题在于ELPA的安装后文件架构挺复杂的，目录一套嵌一套（很烦人），还把头文件和module文件的目录分开，编译别的程序要用到的话还得把两个目录都写到include检查范围里面。

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-3-21 15:06
你好，之前我说“预计 setup 文件拆分与 modulefile 编写会比较复杂”是因为我不太清楚 setup 文件里哪些 ...

可以直接ldd看cp2k的可执行文件，只要ldd的结果一样那就没问题。

UW_0728. 发表于 2026-3-21 21:41
这些变量大多数主要是toolchain中编译后面的一些依赖库时需要，但对于编译CP2K本身应该用不到。至于是否 ...

现在 toolchain 生成的 setup 文件的环境变量应该还是有点问题。比如，我用 --with-elpa=install 等选项跑了一次 toolchain ，产生的 setup 文件包含下述内容，此后编译 CP2K 及运行都很成功。

1. prepend_path PATH "cp2k/tools/toolchain/install/elpa-2026.02.001/cpu/bin"
   
2. prepend_path LD_LIBRARY_PATH "cp2k/tools/toolchain/install/elpa-2026.02.001/cpu/lib"
   
3. prepend_path LD_RUN_PATH "cp2k/tools/toolchain/install/elpa-2026.02.001/cpu/lib"
   
4. prepend_path LIBRARY_PATH "cp2k/tools/toolchain/install/elpa-2026.02.001/cpu/lib"
   
5. prepend_path PKG_CONFIG_PATH "cp2k/tools/toolchain/install/elpa-2026.02.001/cpu/lib/pkgconfig"
   
6. prepend_path CMAKE_PREFIX_PATH "cp2k/tools/toolchain/install/elpa-2026.02.001/cpu"
   
7. export ELPA_VER="2026.02.001"
   
8. export ELPA_ROOT="cp2k/tools/toolchain/install/elpa-2026.02.001"
   
9. export ELPA_LIBS="-lelpa_openmp"

复制代码

但若还想装另一个版本的 CP2K ，在 source 上述 setup 文件后跑第二次 toolchain 时，用 --with-elpa=system 选项并不能成功找到已经安装的 ELPA 的路径，

1. ==================== Finding ELPA from system paths ====================
   
2. libelpa_openmp is found in ld search path
   
3. Cannot find elpa_openmp-2026.02.001 from paths CPATH SYS_INCLUDE_PATH

复制代码

必须要改成指定路径的写法 --with-elpa=cp2k/tools/toolchain/install/elpa-2026.02.001/cpu 才能找到。

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-3-21 15:06
你好，之前我说“预计 setup 文件拆分与 modulefile 编写会比较复杂”是因为我不太清楚 setup 文件里哪些 ...

这些变量大多数主要是toolchain中编译后面的一些依赖库时需要，但对于编译CP2K本身应该用不到。至于是否可以跟CP_LIBS之类的一起排除掉，我不好说。

UW_0728. 发表于 2026-2-25 22:38
ORCA 6结合OpenMPI 5一起用其实完全没有问题（起码结合5.0.6～5.0.10都正常），但是必须是自己编译的，系统 ...

你好，之前我说“预计 setup 文件拆分与 modulefile 编写会比较复杂”是因为我不太清楚 setup 文件里哪些设置是必须写到 modulefile 的，现在有个 filter_setup 函数从零散的 setup_{package} 汇总到最终的 setup 文件里就好多了。但目前 setup 文件里除了各种 PATH 的添加，还有一些环境变量的设置如：

1. export OPENBLAS_LIBS="-l:libopenblas.a"
   
2. export MATH_LIBS="${MATH_LIBS} -l:libopenblas.a"
   
3. export FFTW3_LIBS="IF_MPI(-lfftw3_mpi|) -lfftw3 -lfftw3_omp"
   
4. export FFTW_LIBS="IF_MPI(-lfftw3_mpi|) -lfftw3 -lfftw3_omp"
   
5. export COSMA_LIBS="-lcosma_prefixed_pxgemm -lcosma -lcosta IF_CUDA(-lTiled-MM|)"

复制代码

这些 cmake configure 的设置在编译 CP2K 及实际运行时还有没有必要生效？如果不用的话，能否考虑在 filter_setup 里与 CP_LIBS 之类的一起排除掉，进一步简化最终的 setup 文件呢？

UW_0728. 发表于 2026-2-25 22:38
ORCA 6结合OpenMPI 5一起用其实完全没有问题（起码结合5.0.6～5.0.10都正常），但是必须是自己编译的，系统 ...

感谢指出 根据您的解读 用

1. export OMPI_MCA_osc=^ucx

复制代码

完美克服了烦人的提示

conda部分，我专门关注过反激活问题，尽力避免了conda被取消激活时的环境残留。
这个是lmod用的lua文件：

1. -- -*- lua -*-
   
2. local conda_root = "/opt/devtools/anaconda3"
   
3. local env_script = "/opt/envs/anaconda3.env"
   
4. 
   
5. source_sh("bash", env_script)
   
6. prepend_path("PATH", conda_root .. "/bin")
   
7. prepend_path("PATH", conda_root .. "/condabin")
   
8. 
   
9. if (mode() == "remove") then
   
10.     local cleanup_list = {
    
11.         "CONDA_EXE", "CONDA_PYTHON_EXE", "CONDA_SHLVL", "CONDA_PREFIX",
    
12.         "CONDA_DEFAULT_ENV", "CONDA_PROMPT_MODIFIER", "CONDA_PREFIX_1",
    
13.         "_CE_M", "_CE_CONDA"
    
14.     }
    
15.     for _, var in ipairs(cleanup_list) do
    
16.         unsetenv(var)
    
17.     end
    
18. 
    
19.     LmodMessage("Cleaning up Conda environment...")
    
20.     execute{cmd="export PATH=$(echo $PATH | tr ':' '\\n' | grep -v -E 'anaconda3/bin|anaconda3/condabin|/.conda/envs/' | paste -sd ':' -)", modeA={"remove"}}
    
21.     execute{cmd="while [ ${CONDA_SHLVL:-0} -gt 0 ]; do conda deactivate; done; unset -f conda __conda_activate __conda_reactivate; hash -r", modeA={"remove"}}
    
22. end

复制代码

这个是给module用的tcl文件：

1. #%Module1.0
   
2. conflict conda
   
3. set conda_root "/opt/devtools/anaconda3"
   
4. set env_script "/opt/envs/anaconda3.env"
   
5. 
   
6. if { [module-info mode load] } {
   
7.     if { [file exists $env_script] } {
   
8.         source-sh bash $env_script
   
9.     }
   
10.     prepend-path PATH "$conda_root/bin"
    
11.     prepend-path PATH "$conda_root/condabin"
    
12. }
    
13. 
    
14. if { [module-info mode remove] } {
    
15.     # 1. 环境退栈
    
16.     puts stdout "while \[ \${CONDA_SHLVL:-0} -gt 0 \]; do conda deactivate; done;"
    
17. 
    
18.     # 2. 精准变量清理 (增加了对模块系统内部变量的清理)
    
19.     set cleanup_list {
    
20.         CONDA_EXE CONDA_PYTHON_EXE CONDA_SHLVL CONDA_PREFIX
    
21.         CONDA_DEFAULT_ENV CONDA_PROMPT_MODIFIER CONDA_PREFIX_1
    
22.         _CE_M _CE_CONDA __MODULES_SHARE_PATH
    
23.     }
    
24. 
    
25.     foreach var $cleanup_list {
    
26.         unsetenv $var
    
27.         puts stdout "unset $var;"
    
28.     }
    
29. 
    
30.     # 3. 彻底抹除 Conda 导出的 Bash 函数
    
31.     # 这一步通过 shell 强制清除被 export 的函数定义
    
32.     puts stdout "unset -f conda __conda_activate __conda_reactivate __conda_hashr __add_sys_prefix_to_path __conda_exe __conda_s_rc;"
    
33. 
    
34.     # 4. 强制物理清理 PATH
    
35.     puts stdout "export PATH=\$(echo \$PATH | tr ':' '\\n' | grep -v -E '/.conda/envs/|/anaconda3/bin|/anaconda3/condabin' | paste -sd ':' -);"
    
36. 
    
37.     # 5. 刷新 Shell 状态
    
38.     puts stdout "unalias conda 2>/dev/null; hash -r;"
    
39. }

复制代码

ORCA 6结合OpenMPI 5一起用其实完全没有问题（起码结合5.0.6～5.0.10都正常），但是必须是自己编译的，系统包管理器自带的那个OpenMPI 5.0.2没法用

（补充原因：OpenMPI 5.0.x支持了更先进的UCX功能，这一功能在检测到已安装的ucx-devel包时会自动启用并成为默认选项，但是ORCA目前主要适配OpenMPI 4.1.x，因此与这一功能不兼容。系统dnf自带的5.0.2版本是包含了这一功能的，所以用它来运行ORCA会弹出一大堆所谓的报错提示，尽管这些提示并不会真的导致计算任务报错停止，只是计算速度会略慢一点；如果不安装系统自带的OpenMPI而选择自行编译，此时由于系统默认不装着ucx-devel，OpenMPI在配置和编译的时候就不会检测到和启用这个功能，因此也就不存在这一问题）

未来可以挑战把 CP2K 2026.1 的工具链做成 modulefiles 形式，以让其中的 OpenMPI 5 能与 ORCA 6.1.1 用的 OpenMPI 4.1.8 共存，预计 setup 文件拆分与 modulefile 编写会比较复杂。

其实你的文章已经提到了$LMOD_DIR/sh_to_modulefile这个命令（经典module中命令是module sh-to-mod bash），就可以用来处理这个：把source /path/to/cp2k/tools/toolchain/install/setup和几个针对CP2K的export PATH还有LD_LIBRARY_PATH指令放在一个bash脚本中，然后利用上述命令，就可以很方便地实现这个目的了

今天更新了一下正文第四节 ORCA 6.1.1 的 modulefile 的写法。旧版的 modulefile 长这样：

1. whatis("ORCA-6.1.1")
   
2. family("orca")
   
3. help([[
   
4. ORCA 6.1.1 dynamically linked against OpenMPI 4.1.8
   
5. ]])
   
6. 
   
7. load("openmpi/4.1.8-gnu14.3.1")
   
8. prepend_path("PATH","/opt/orca_6_1_1_linux_x86-64_shared_openmpi418_avx2" )
   
9. prepend_path("LD_LIBRARY_PATH","/opt/orca_6_1_1_linux_x86-64_shared_openmpi418_avx2")
   
10. execute {cmd="alias orca6=$(which orca)", modeA={"load"}}
    
11. execute {cmd="unalias orca6", modeA={"unload"}}

复制代码

最后两行的 execute {} 要求在完成所有变量设定后执行 shell 命令，此处在加载时用 alias 设定 orca6 为 which 查到的可执行文件的完整路径、卸载时用 unalias 取消之。但是：
1. LMod 已经有原生的设置 alias 的指令 set_alias() 可用来定义 alias 因而不需要 execute 的命令；
2. 定义 alias 即要求输入命令后运行前扩展字符串，只适合于 interactive shell 而不会在 non-interactive shell 里生效（如使用 nohup & 把进程放到后台运行且忽略 SIGHUP 的场合）。更好的替代方案是定义 shell function 并用 bash 语法的 "$@" 传入所有选项，在 LMod 里用 set_shell_function() 来设置（见官方文档 Setting alias and shell functions 一节），正文按字符串连缀来写。

想在（无作业排队系统的）私有电脑上批量用 nohup 跑一批 ORCA 任务时，给每个输入文件写一个 run_orca.sh 脚本加载 modulefile 并启动 ORCA 程序，如

1. #!/bin/bash
   
2. inpname="ch2o"
   
3. module load orca/6.1.1-openmpi4.1.8
   
4. orca6 ${inpname}.inp > ${inpname}.out

复制代码

再在命令行里交给 nohup 即可。

1. chmod +x run_orca.sh
   
2. nohup ./run_orca.sh &

复制代码

好奇一下，最近几天这帖的浏览量增加得出乎意料地快，是有谁在其他地方转了个指向这帖的链接吗？

有关 Gaussian/GaussView 再说一点，比如装到 /opt 下平时配备环境的习惯大概会编辑 ~/.bashrc 添加这样的指令

1. export g16root=/opt
   
2. export GAUSS_SCRDIR=/opt/g16/scratch
   
3. export GAUSS_MEMDEF=25600MB
   
4. source /opt/g16/bsd/g16.profile

复制代码

其中最后一行 source 的 g16.profile 文件也是一个 shell 脚本。但在写 modulefile 用 LMod 做版本管理时不能简单改成 modulefile 里的 execute {cmd="source /opt/g16/bsd/g16.profile", modeA={"load"}} 指令，因为这样加载完再卸载会残留设置；实测用上面提到的 sh_to_modulefile 外部工具或者 modulefile 里的 source_sh 指令都会报错。这种情况下，有必要 less /opt/g16/bsd/g16.profile 查看文件，综合考虑所有设置对环境变量的影响,再自行翻译成 lua 语法的 modulefile 指令。

比如，看到 g16.profile 前面几行是这样的

1. gr=$HOME
   
2. if [ "$g16root" ]
   
3.   then gr=$g16root
   
4.   fi
   
5. export GAUSS_EXEDIR="$gr/g16/bsd:$gr/g16"
   
6. ...

复制代码

那么对应的 modulefile 里，包括上面几个设置的语句为

1. local gr = "/opt"
   
2. setenv("g16root", gr)
   
3. setenv("GAUSS_SCRDIR", pathJoin(gr, "g16/scratch"))
   
4. setenv("GAUSS_MEMDEF", "25600MB")
   
5. local gauss_exedir = pathJoin(gr, "g16/bsd") .. ":" .. pathJoin(gr, "g16")
   
6. setenv("GAUSS_EXEDIR", gauss_exedir)
   
7. ...

复制代码

此处利用了 lua 语法中定义局部字符串变量和用 .. 表示 concatenation 的特性，以及 LMod 的 pathJoin 函数拼凑路径。

又比如， g16.profile 里有这样的分支语句

1. if [ "$PATH" ]; then
   
2.   export PATH="$PATH:$gr/gauopen:$GAUSS_EXEDIR"
   
3. else
   
4.   export PATH="$gr/gauopen:$GAUSS_EXEDIR"
   
5.   fi

复制代码

显然这就是添加 PATH 的过程，在 LMod 里只需要一行

1. append_path("PATH", pathJoin(gr, "gauopen") .. ":" .. gauss_exedir)

复制代码

特别注意，append_path 把新的路径加到变量末尾， prepend_path 把新的路径加到变量前头，在执行程序从 $PATH 搜索路径时是从前到后找、优先按前面找到的用，所以必须结合新路径的优先度考虑该用哪个。对于 WSL 的虚拟机而言，由于 $PATH 末尾包含了 Windows 系统的路径，所以应当改用 prepend_path 的写法。

1. prepend_path("PATH", pathJoin(gr, "gauopen") .. ":" .. gauss_exedir)

复制代码

我一般不用C:\Users\{username}\.wslconfig，而是通过WSL里面/etc/wsl.conf文件来设置一些东西。