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请教力场和原子冲突问题

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发布时间: 2026-1-19 15:36

正文摘要:

各位老师,我一直理解的是对于各个力场来说,用gromacs跑模拟时,如果原子有冲突是无法正常通过平衡阶段甚至是能量最小化阶段,但今天发现如图所示,一个蛋白质中的精氨酸结构有点问题,原子之间不正常成键并且原子 ...

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YuniJ 发表于 Post on 3 day ago
student0618 发表于 2026-1-20 01:16
如果拓朴成键关係正确是有可能在最小化时解决的,可以用vmd打开最小化后的gro看看。

谢谢老师,确实是在能量最小化时解决的
student0618 发表于 Post on 3 day ago
如果拓朴成键关係正确是有可能在最小化时解决的,可以用vmd打开最小化后的gro看看。

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