求助：计算石墨烯膜狭缝中水的传质过程，NPT之后盒子缩小后处理的问题

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发布时间: 2026-1-22 14:59

各位老师好！我现在正在使用Gromacs计算石墨烯膜狭缝中水的传质过程，分别打算使用MD和MD之后的NEMD方式（gromacs中的acce组和pull组）对其性质进行分析。我采用的具体模拟步骤是在几何优化之后选择NPT系综模拟，首 ...

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Yiliuvito 发表于 Post on 2026-1-28 20:42:50

sobereva 发表于 2026-1-28 02:55
我没时间检查文件
只能告诉你，在VMD里把初始结构载入后显示出相邻周期镜像，弄清楚边缘位置的跨盒子的C ...

谢谢社长的解答，根据您说的问题已经解决了

sobereva 发表于 Post on 2026-1-28 02:55:44

Yiliuvito 发表于 2026-1-27 16:31
感谢社长的回复！我这一段时间一直被这个问题卡住了，还希望您能百忙中再帮忙解答：这种情况的出现是否意 ...

我没时间检查文件
只能告诉你，在VMD里把初始结构载入后显示出相邻周期镜像，弄清楚边缘位置的跨盒子的C-C距离对不对，是否是成键距离；如果是，检查原子序号和拓扑文件里的[bonds]部分，确保有跨盒子的C-C的bond项。并且确保已经periodic-molecules=yes

sobereva 发表于 Post on 2026-1-23 01:41:39

Yiliuvito 发表于 2026-1-22 19:54
谢谢社长的回复，我确实是把石墨烯当作周期性结构进行计算的，在NPT之后模拟盒子在xy方向上分别减小了， ...

模拟正常的情况下，不会有这种现象

sobereva 发表于 Post on 2026-1-22 19:40:30

先弄清楚是否把石墨烯当成了周期性计算，即存在跨盒子的bond项并且开了periodic-molecules=yes。如果已经是这样，肯定要把原子wrap进盒子再观看

要么用pull，要么设常加速度组，不能两个都作用到水上。

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