求助：计算石墨烯膜狭缝中水的传质过程，NPT之后盒子缩小后处理的问题

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发布时间: 2026-1-22 14:59

各位老师好！我现在正在使用Gromacs计算石墨烯膜狭缝中水的传质过程，分别打算使用MD和MD之后的NEMD方式（gromacs中的acce组和pull组）对其性质进行分析。我采用的具体模拟步骤是在几何优化之后选择NPT系综模拟，首 ...

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sobereva 发表于 Post on 13 hour ago

Yiliuvito 发表于 2026-1-22 19:54
谢谢社长的回复，我确实是把石墨烯当作周期性结构进行计算的，在NPT之后模拟盒子在xy方向上分别减小了， ...

模拟正常的情况下，不会有这种现象

sobereva 发表于 Post on yesterday 19:40

先弄清楚是否把石墨烯当成了周期性计算，即存在跨盒子的bond项并且开了periodic-molecules=yes。如果已经是这样，肯定要把原子wrap进盒子再观看

要么用pull，要么设常加速度组，不能两个都作用到水上。

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