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Multiwfn与VMD做IGMH图时片段选择不同导致图像表达与相互作用事实矛盾

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sfj
发布时间: 2026-1-24 03:02

正文摘要:

各位老师好,我在用Multiwfn与VMD做过渡态的IGMH分析图时遇见片段选择不同导致图像表达与相互作用事实矛盾,Zn1–O1 距离为 2.88 Å,按 Zn–O 配位范围判断应属于弱配位作用;而且我在 IGMH 作图时如果把 O1 片 ...

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sfj 发表于 Post on 4 hour ago
SharkYYX2025 发表于 2026-1-25 00:23
我不太确定是不是正确理解了你的意思。。。我建议可以试试做两次IGMH,第一显示Zn1与O1的配位作用,第二显 ...

好的!我刚刚试了试这样是可以的,解决了我的这个问题!谢谢!但我还想请问一下,这种两次IGMH结果一次载入显示在同一张图的方法,可以直接用吗?写论文的时候还需要单独说明吗?
SharkYYX2025 发表于 Post on 21 hour ago
我不太确定是不是正确理解了你的意思。。。我建议可以试试做两次IGMH,第一显示Zn1与O1的配位作用,第二显示C2与O2的吸引作用。每次定义片段的时候就选你想要的那一两个原子。然后把输出文件都一起载入,等值面是两个分开的。

此贴第五节有个压缩包教程,可以参考
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元  http://sobereva.com/621
sfj 发表于 Post on yesterday 18:05
sobereva 发表于 2026-1-24 16:02
我不知道你要通过IGMH到底想展现什么片段间的相互作用,没这个前提没法回答。必须通过示意图说清楚片段。如 ...

抱歉老师,是我没表达清楚,这个是一个闭环的过渡态,C2与O2要成键,所以我想重点突出C2与O2之间产生了较强的吸引作用,由于C1C2O1O2均在一个分子结构内,所以我把这个分子结构拆成了两个片段,代价就是不能将O1选进去,因为一旦选进去就会出现图1这种C2与O1的红色排斥力。但是可以看到Zn1与O1之间具有一定的配位作用(图1的黑色圈内),如果O1不选进去这个配位作用就消失(图2的黑色圈内),现在就很矛盾,需要取舍,就想问问老师有没有什么办法两者兼顾:既显示Zn1与O1的配位作用,还能突出C2与O2的吸引作用,不产生图1那种红色排斥力。麻烦老师了,谢谢老师
sobereva 发表于 Post on yesterday 16:02
我不知道你要通过IGMH到底想展现什么片段间的相互作用,没这个前提没法回答。必须通过示意图说清楚片段。如果没有确切的片段定义要求,用IRI
若要着重展现Zn1–O1间的相互作用,这俩原子应在不同片段里
sfj 发表于 Post on yesterday 13:48
pal 发表于 2026-1-24 09:25
图1中出现的那个好像是O1和C2之间的作用吧,这两个不是应该作为同一个片段么

对的,是O1和C2之间的作用,C1C2O1OO2其实都在一个结构内,但是我为了重点突出C2与O2之间的成键作用,便把片段拆分了,所以现在就出现了矛盾
pal 发表于 Post on yesterday 09:25
图1中出现的那个好像是O1和C2之间的作用吧,这两个不是应该作为同一个片段么

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