MolAICal 发表于 2026-4-5 16:01
关于"计算帧数越多，熵值越大"的理解，以下仅为个人观点：

可以这样理解：即使在一个已对齐（fit）的 ...

好的我大概明白了，谢谢大佬。

yuan-an 发表于 2026-4-2 11:53
谢谢大佬的分享。我已经用MolAICal算完了自由能和熵。我也分享下我中途遇到的一些问题和我解决的办法：1.大 ...

关于"计算帧数越多，熵值越大"的理解，以下仅为个人观点：

可以这样理解：即使在一个已对齐（fit）的轨迹中，仅考虑单个 Cα 原子，它也可能在特定范围内进行随机运动。计算的帧数越多，观察到的无序程度就越高，因此熵值越大的可能性也越高。换言之，增加计算帧数会使表观无序性增强，从而可能获得更高的熵值。除非计算能够揭示出有序模式（例如对称性等），而这类有序特征在有限的模拟时间内可能难以被观测到。

如何在评估结合能时确定用于熵计算的帧数？可探索以下两种方案：

方案一：平衡态下的多系统比较
当多个系统均处于平衡态时，若需比较不同系统（例如：比较多种药物在同一受体结合口袋中的结合能等），可采用等间隔采样策略从轨迹中提取帧。
示例：若进行了500 ns的模拟，可抽取50帧，即每10 ns取1帧。在计算和比较结合自由能时，对所有待比较系统采用完全相同的采样策略，以确保结果的可比性。

方案二：平衡态下的特定区间分析
当系统处于平衡态时，可参考多数研究者的做法，选取感兴趣的特定帧区间进行分析。
示例：聚焦轨迹的最后50帧，专门研究熵效应对结合自由能的影响。此方法适用于深入探究某一稳定阶段的熵贡献。

谢谢大佬的分享。我已经用MolAICal算完了自由能和熵。我也分享下我中途遇到的一些问题和我解决的办法：1.大佬可能没有提到，进入MolAICal的这两种命令（这个帖子最前面的两个命令）功能是不一样的，前者是用来进行文件交换的，由于依赖或者配置环境问题，进入后只能用于本地文件和MolAICal新开环境的交换。后者是相当于新开了一个虚拟环境，软件和包都需要自己装，不过能解决依赖问题，后面的几乎所有的命令都需要通过这个命令进入才能进行计算。2.我在安装vmd和namd3的时候好像有版本要求，进入后只能使用无GPU版本的。我的远程服务器是4090，但用后者这个命令进入后用不了GPU（不过问题也不大）。3.关于快速计算自由能这方面我没找到具体的脚本，我是按照教程构建conf文件分别计算再总和的。4.熵好像算的有点慢，我4090计算last25和全部原子算了一天也没算出来，我后面就只算了CA，这样就快了很多，不过也出现了另外一个问题：5.我做的蛋白二聚体的复合物，配体和受体都用的蛋白质，模拟了100ns，我分别计算了last25,50,100,200,300的结果，发现越来越负，last25的两种算法的结果都是25左右，然后last50都是-30左右，last100就都是-100左右了，往后负值越来越大。（我也对齐了，不对所有原子去除选择和平移算不了的）不知道是不是取样或者是其他什么原因。我最后是取的last50，这个的结果看起来正常点。
我中途使用遇到的问题暂时就这么多，希望能帮到大家。