布朗动力学计算出错 LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: r...

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发布时间: 2017-5-9 08:37

老师：我做碳纳米材料（C60，石墨烯和氧化石墨烯）的布朗动力学。动力学之前我做了最小化和NVT平衡，做C60（所有碳原子不带电）时正常运行，但是做石墨烯和氧化石墨烯时一直出错，感觉跟体系中有带电原子有关。请 ...

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Xurr 发表于 Post on 2024-9-14 16:23:06

您好，请问布朗动力学能只针对体系中的水分子（或者水分子中的氧原子）施加阻力吗？

you837554 发表于 Post on 2020-1-6 15:55:03

tanghuanhgd 发表于 2017-5-9 20:57
谢谢老师回答
石墨烯的结构：
把约束去掉也不行，还是出错。感觉是模型问题，但是实在不知道哪里有问题， ...

您好！请问您解决这个问题了吗我在计算溶剂化自由能时也遇到了这个问题

sobereva 发表于 Post on 2017-5-9 12:40:09

不晓得你的体系具体结构什么样，何不做标准的显式溶剂下的MD模拟？结果比BD+GB会明显合理得多。

而且当前步长这么小，用约束也没有意义，去掉约束。

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