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求助：使用x2top命令由pdb文件生成top文件报错显示Could only find a forcefield

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aymy

发布时间: 2026-1-25 16:03

正文摘要:

做有关石墨烯的模拟时缺少top文件，我使用x2top命令由现有的pdb文件生成top文件时出现了Could only find a forcefield type for 0 out of 1056 atoms的报错（完整命令：gmx x2top -f S-g.pdb -o S-g.top -ff select ...

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FrancisCho 发表于 Post on 2026-1-26 20:00:41

需要你在gmx文件夹下的/share/gromacs/top/oplsaa.ff/文件夹下修改atomname2type.n2t文件内容，添加：
C  opls_145  0 12.011 3 C 0.142 C 0.142 C 0.142
C  opls_145  0 12.011 2 C 0.142 C 0.142
C  opls_145  0 12.011 1 C 0.142
这样就会把石墨烯的碳原子定义为OPLS-AA力场内的芳香sp2碳，以上是我根据培训讲义内容中的碳纳米管模拟部分（讲义对应GROMOS 54A7）拓展到OPLS-AA力场下的石墨烯体系，修改完后执行echo 16|gmx x2top -f model.gro -o md.top -ff select -nopbc -name md，然后删除前22行与最后8行后将md.top修改为md.itp即可

Myth 发表于 Post on 2026-1-25 17:17:39

aymy 发表于 2026-1-25 16:11
老师您好，因为我正在复现一篇文献里的内容，文献作者提到了使用OPLS-AA，所以发帖求助，也可以学习，明 ...

n2t文档内容写的不对，网上有很多范例可以查到n2t文档应该怎么写

aymy 发表于 Post on 2026-1-25 16:11:43

sobereva 发表于 2026-1-25 16:05
无论是GAFF还是OPLS-AA，都没有专门给石墨烯搞的参数，显然也不存在非要用OPLS-AA不可的理由
但凡OPLS-AA ...

老师您好，因为我正在复现一篇文献里的内容，文献作者提到了使用OPLS-AA，所以发帖求助，也可以学习，明白自己的错误。
那我先继续用sobtop继续模拟着，感谢

sobereva 发表于 Post on 2026-1-25 16:05:42

无论是GAFF还是OPLS-AA，都没有专门给石墨烯搞的参数，显然也不存在非要用OPLS-AA不可的理由
但凡OPLS-AA能描述的体系，GAFF或GAFF2几乎都能合理描述；但凡GAFF或GAFF2无法描述好的情况，尝试用OPLS-AA也基本徒劳

用GAFF可以享受用sobtop创建拓扑文件的极度便利，而且又有极为丰富的与之兼容的力场，而且原子类型名字又远远比OPLS-AA十分抽象的数字清楚得多、友好得多

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