ADT在加氢过程中出现断键提示，应该怎么处理

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wqm

发布时间: 2026-1-28 09:29

各位老师好，我用UCSF chimera 1.19对蛋白进行残基补全处理后，放ADT里对其进行加氢处理，出现以下提示针对这些问题我有几个疑问： 1.这几个原子所在的区域都是用chimera补全的区域，出现这种情况是因为补全残基 ...

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wqm 发表于 Post on 2026-1-28 14:34:35

student0618 发表于 2026-1-28 11:56
sidechain的话pdb2pqr 加氢时会帮忙补，整个residue 缺失可以用pdbfixer

非常感谢！

student0618 发表于 Post on 2026-1-28 11:56:43

wqm 发表于 2026-1-28 11:00
我看了一下补全文件的文本信息，发现提示的这6个原子所在的残基在文本信息中少了一些原子（可能是C，可能 ...

sidechain的话pdb2pqr 加氢时会帮忙补，整个residue 缺失可以用pdbfixer

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wqm 发表于 Post on 2026-1-28 11:00:31

student0618 发表于 2026-1-28 10:03
用例如PDB2PQR加氢较好，或者直接全都用CHARMM-GUI补原子及加氢

不补的话跑不了MD

我看了一下补全文件的文本信息，发现提示的这6个原子所在的残基在文本信息中少了一些原子（可能是C，可能是O），所以请问是不是补全过程中出现的问题，我现在得重新想办法补全

student0618 发表于 Post on 2026-1-28 10:03:26

用例如PDB2PQR加氢较好，或者直接全都用CHARMM-GUI补原子及加氢

不补的话跑不了MD

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