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发布时间: 2026-1-28 16:41
正文摘要:使用gmx_MMPBSA计算蛋白-蛋白复合物时发现静电作用能ΔEEL为正值是什么原因呢？我自己的蛋白-蛋白复合物计算结果如下，去使用文献中蛋白的分子模拟然后用gmx_MMPBSA计算结合自由能发现ΔEEL也为正值（而文献中的结合 ... |
| mmpbsa.in文件里面的inp设置为1（这个参数我认为是影响最大的，设置为2有时候会出问题，具体含义看MMPBSA官网，可能需要翻），indi设置为4，istrng设置为0.15的比较多，然后你再试试，先跑个20帧看看，理论上来说就没什么问题了 |
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本帖最后由 student0618 于 2026-1-29 18:34 编辑 1. MMPBSA 至少需要 100 帧，采样间隔不宜过短，尝试使用更长的平衡轨迹。 2. 看轨迹，观察相互作用，e.g.，观察界面处是否有相同电荷的残基作用。 |
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