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纯小白，想问一下怎样写一下统计H的角度分布的脚本

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伊莱亚斯

发布时间: 2026-1-29 12:36

正文摘要:

本帖最后由伊莱亚斯于 2026-1-29 12:38 编辑就像这个图一样

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sobereva 发表于 Post on 2026-1-29 17:38:49

转成VMD支持的轨迹格式，载入VMD，编写VMD tcl脚本做这种几何关系统计最容易
PS：北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里专有一节“VMD分析脚本的编写”用90多页幻灯片全面系统讲了脚本的编写的各方面的知识并给了海量例子，可以轻松应付这种脚本的编写

伊莱亚斯 发表于 Post on 2026-1-29 17:04:52

pal 发表于 2026-1-29 16:49
有所有原子的坐标就行，不过图片这个是统计分子动力学结果吧

嗯嗯

pal 发表于 Post on 2026-1-29 16:49:02

伊莱亚斯发表于 2026-1-29 14:29
请问一下用什么文件可以呢，我是用VASP跑的，能直接用XDATCAR吗

有所有原子的坐标就行，不过图片这个是统计分子动力学结果吧

伊莱亚斯 发表于 Post on 2026-1-29 14:29:49

pal 发表于 2026-1-29 14:12
先求基底法向量，就是黄色那个，上面的图就是O-H和法向量的夹角，下面的图就是H-O-H角平分线和法向量的夹角

请问一下用什么文件可以呢，我是用VASP跑的，能直接用XDATCAR吗

pal 发表于 Post on 2026-1-29 14:12:46

先求基底法向量，就是黄色那个，上面的图就是O-H和法向量的夹角，下面的图就是H-O-H角平分线和法向量的夹角

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