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想请教几个关于氢键计算的问题

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发布时间: 2017-5-10 10:24

正文摘要:

       最近看到我们学校的一些毕业论文上关于共晶计算的问题,是从分子设计角度设计共晶体结构,其中,第一步是在GAUSSIAN中将两种分子的建模到一起,然后在MP2(FULL)/6-311G++(D,P)优化和频率 ...

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sobereva 发表于 Post on 2017-7-10 10:52:20
不懂计算 发表于 2017-7-10 08:46
老师,能量计算用的是单点能、零点振动能还是自由能,亦或是其他的能量呢?


理论上研究相互作用强度,用单点能
要跟实验对比再用恰当的热力学数据

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不懂计算 发表于 Post on 2017-7-10 08:46:34
sobereva 发表于 2017-5-10 19:25
不管是氢键、卤键、二氢键、硫键、磷键、pi-pi堆积还是什么,你都用那个公式算。整体能量减片段能量和 ...

老师,能量计算用的是单点能、零点振动能还是自由能,亦或是其他的能量呢?
杜黎小松 发表于 Post on 2017-5-11 21:09:03
sobereva 发表于 2017-5-10 19:25
不管是氢键、卤键、二氢键、硫键、磷键、pi-pi堆积还是什么,你都用那个公式算。整体能量减片段能量和 ...

多谢老师赐教,比较明白了
sobereva 发表于 Post on 2017-5-10 19:25:14
杜黎小松 发表于 2017-5-10 17:32
谢谢老师指正,我会遵守规则,下次会很注意的。老师,就是氢键键能是怎么计算的啊,论文上说那个公式同样 ...


不管是氢键、卤键、二氢键、硫键、磷键、pi-pi堆积还是什么,你都用那个公式算。整体能量减片段能量和,很显然就是片段之间的相互作用能,如果片段之间的相互作用在当前情况中就是氢键,显然得到的就是氢键的键能。

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杜黎小松 发表于 Post on 2017-5-10 17:32:33
sobereva 发表于 2017-5-10 13:34
传图前应当把图旋转合适,否则还得扭着脖子看
能直接截图的直接截图,不要拍照,否则文件又大(浪费论坛空 ...

谢谢老师指正,我会遵守规则,下次会很注意的。老师,就是氢键键能是怎么计算的啊,论文上说那个公式同样适用与氢键计算,那么到底该怎么理解啊
sobereva 发表于 Post on 2017-5-10 13:34:44
传图前应当把图旋转合适,否则还得扭着脖子看
能直接截图的直接截图,不要拍照,否则文件又大(浪费论坛空间。除非事先修改尺寸并调节压缩率)又不清楚。

E(AB)-E(A)-E(B)等于A和B之间相互作用能,这是极为显而易见的。如果考虑BSSE问题,就用counterpoise关键词,看
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

很多错字、误拼、错误书写:"分子类氢键"、motel-carlo、6-311G++(D,P)、“EA,EB指去除B后的结构能量”

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