求助：为解决gromacs报错而修改NADP分子的itp文件是否科学正确

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发布时间: 2026-2-1 17:01

最近在尝试做一个酶、NADP和底物的分子动力学模拟，模拟软件使用的是gromacs，用gromacs的pdb2gmx指令生成蛋白质top文件，用sobtop生成NADP和底物分子的top文件。模拟总是报错，遂单独模拟各个分子，发现NADP分子中 ...

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彭俊瑜 发表于 Post on 2026-2-2 09:29:04

sobereva 发表于 2026-2-2 06:15
那几个1-4作用项不是重点，删了不会有明显问题

好的老师，我再去看看有没有现成的参数参照一下

彭俊瑜 发表于 Post on 2026-2-2 09:28:27

student0618 发表于 2026-2-1 17:27
找相关文献引用，或者可能要再补键角/二面角参数。

Amber力场 NADP 几个form都有文献给现成参数，可找 ...

感谢补充，我去对照这些内容看看

sobereva 发表于 Post on 2026-2-2 06:15:45

那几个1-4作用项不是重点，删了不会有明显问题

student0618 发表于 Post on 2026-2-1 17:27:47

本帖最后由 student0618 于 2026-2-2 01:47 编辑

找相关文献引用，或者可能要再补键角/二面角参数。

Amber力场 NADP 几个form都有文献给现成参数，可找找看 http://amber.manchester.ac.uk/

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