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请教一个关于负氢转移过渡态寻找的问题

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发布时间: 2026-2-4 00:40

正文摘要:

本帖最后由 typ_gauss 于 2026-2-4 10:28 编辑

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KazusaT 发表于 Post on 2026-2-4 14:57:15
本帖最后由 KazusaT 于 2026-2-4 14:58 编辑
typ_gauss 发表于 2026-2-4 14:43
好的,感谢,我试试。Gaussian与xtb程序联用感觉很高效啊,1分钟就能给出结果。我算这个都是1天时间起步{ ...

先用gfn或者半经验的方法进行尝试会节约一些时间,可以参考:
使用柔性扫描与半经验DFT辅助搜索有机反应过渡态经验分享


typ_gauss 发表于 Post on 2026-2-4 14:43:06
KazusaT 发表于 2026-2-4 14:29
对的,如果溶剂分子可能通过氢键等参与反应的话还要显式考虑几个溶剂分子,不过一般还原胺化也不太用质子溶 ...

好的,感谢,我试试。Gaussian与xtb程序联用感觉很高效啊,1分钟就能给出结果。我算这个都是1天时间起步
KazusaT 发表于 Post on 2026-2-4 14:29:57
对的,如果溶剂分子可能通过氢键等参与反应的话还要显式考虑几个溶剂分子,不过一般还原胺化也不太用质子溶剂就是了
我用sob老师的gau_xtb接口稍微跑了一下,gfn2和GBSA(ch2cl2)的条件下能找到一个期望的过渡态,不过我没有跑IRC,可以供你参考

屏幕截图 2026-02-04 142550.png (394.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

屏幕截图 2026-02-04 142550.png

Htransform.zip

1.03 MB, 下载次数 Times of downloads: 2

typ_gauss 发表于 Post on 2026-2-4 13:20:52
KazusaT 发表于 2026-2-4 11:36
大于500kB的文本文件上传之前要压缩
论坛里搜索过渡态能找到很多帖子,可以借鉴一下经验,实在没辙的话 ...

好的,谢谢。顺便再问一下,您说的溶剂的影响是指考虑隐式溶剂吗?
KazusaT 发表于 Post on 2026-2-4 11:36:53
typ_gauss 发表于 2026-2-4 10:23
您说的这些我都试过,先限制优化或者不限制结果都差不多,过渡态我也用过calcall,它也是这样的趋势。log ...

大于500kB的文本文件上传之前要压缩
论坛里搜索过渡态能找到很多帖子,可以借鉴一下经验,实在没辙的话也可以尝试用ORCA做NEB试试
不过我觉得你是不是也得考虑一下溶剂的影响
typ_gauss 发表于 Post on 2026-2-4 10:23:55
本帖最后由 typ_gauss 于 2026-2-4 10:25 编辑
bxyao 发表于 2026-2-4 09:59
麻烦放出来log文件结构,这样说很难理解这个东西,很有可能初猜结构就有问题,是否先做限制性优化了?势能 ...

您说的这些我都试过,先限制优化或者不限制结果都差不多,过渡态我也用过calcall,它也是这样的趋势。log文件只有3.0多兆也上传不上来,输入文件您可以看看,我放了个最近的。
bxyao 发表于 Post on 2026-2-4 09:59:11
麻烦放出来log文件结构,这样说很难理解这个东西,很有可能初猜结构就有问题,是否先做限制性优化了?势能面过于平缓是否重新计算hessian矩阵或调整步长限制来优化过渡态,level也不完整,这根本看不出来什么东西

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