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CP2K，结构未收敛，可能是提交任务的脚本或者命令的问题

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Ying_Zhang

发布时间: 2026-2-6 18:06

正文摘要:

Mg、Bi组成的体系做CP2K的变胞优化，第一步时SCF不收敛且震荡 - 第一性原理 (First-principles) - 计算化学公社这是我发的上一个帖子，经两位老师的测试，均可以计算，所以其中一个老师提出，可能是编译环境或运 ...

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Ying_Zhang 发表于 Post on 3 day ago

UW_0728. 发表于 2026-2-7 15:53
你没有把相应MPI的PATH和LD_LIBRARY_PATH（以及如果用的非toolchain内安装的数学库的话还有那个数学库 ...

感谢老师回答，我重新编译了一版2026.1的CP2K，今天可以成功运行。估计是我2025那版，在编译过程中出现问题，谢谢老师的回复。确实一些基础知识，还是得补。

UW_0728. 发表于 Post on 2026-2-7 15:53:23

本帖最后由 UW_0728. 于 2026-2-7 15:56 编辑

Ying_Zhang 发表于 2026-2-6 21:17
老师您好，我重新写了一个脚本，如下，但是它仍旧产生一个报错，无法进行计算，报错如下图

你没有把相应MPI的PATH和LD_LIBRARY_PATH（以及如果用的非toolchain内安装的数学库的话还有那个数学库的相应变量）加到环境变量里面，source的那个setup文件不包含那两个环境变量路径

看来你得补一补Linux的一些环境变量基础知识

Ying_Zhang 发表于 Post on 2026-2-6 21:22:43

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-2-6 18:22
一般超算集群是区分登录节点和计算节点的，用户编辑自己的~/.bashrc只能在登录节点生效，所以应该把设置环 ...

mpirun加--mca选项，是因为我问了管理员如何进行mpi job的运行在我们的clusetr上，他给出的建议。--target-cpu我没特别设置，不过确实存在因为这两天提交工作的人较多，我常用的parition满了，我换了一个partition，不知道会不会有影响。

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2026-2-6 18:22:05

一般超算集群是区分登录节点和计算节点的，用户编辑自己的~/.bashrc只能在登录节点生效，所以应该把设置环境变量、source那个setup脚本的命令写到排队系统的作业提交脚本里，让计算节点也能在配备好的环境下运行CP2K任务。服务器上用module管理相关环境的命令也需要写进去。

为什么mpirun要加这么多--mca选项？用户节点和计算节点的CPU款式是否相同，用toolchain安装CP2K依赖时--target-cpu有没有特别设置？

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