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发布时间: 2026-2-7 15:49
正文摘要:各位老师们好，我在研究一个较大的分子，PDI-Ⅲ，实验发现该分子在高极性的丙酮倾向于分子内聚集，而在低极性的甲苯中会反而容易发生分子间聚集；需要计算不同溶剂下单分子和二聚体的吉布斯自由能，来证明这一点 由 ... |
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1 不完全合理。你这个体系很柔，实际溶液中各种构象和结合构型都有、不断变化，需要考虑显式作用（如pi-pi）的溶剂分子也到处都有，光拿一个构象算结合自由能不能全面说明问题（除非你觉得能部分说明情况也行，那倒可以接受）。显式溶剂下算结合自由能严格来说需要依靠凝聚相的动力学得到PMF。 2 我不知道你退火的细节。如果温度拉高到了沸腾的程度，盒子肯定会显著增大。对于一个PDI-III在溶剂中退火帮助快速采样的目的，NVT下退火可以接受。溶剂盒子下退火比用团簇更好，要不然溶剂分子会不断跑飞 3 用尽量延展的构象计算，让尽可能多的原子暴露出来从而接近拟合点，并且最好在Multiwfn里设置等价性约束以满足体系的对称性 |
student0618 发表于 2026-2-7 17:14 用的 C-rescale压浴，设置如下： Pcoupl = C-rescale pcoupltype = isotropic nstpcouple = 10 tau_p = 2.0 ref_p = 1.01325 compressibility = 4.5e-5 |
| 退火时用的是什么压浴？ |
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