从Pd晶体切出表面建模的时候就能做晶格矢量变换了。
http://bbs.keinsci.com/thread-54125-1-1.html

重氮甲烷CH2N2的成键方式不算简单，这是怎么能用GROMOS54a7力场描述的？如果是要模拟金属钯催化CH2N2对烯烃的cyclopropanation之类有机化学反应，GROMACS的经典分子力场模拟应该没法描述成键断键吧。

烯烃用sobtop产生GAFF力场的拓扑文件。如果之后还有问题，照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8排查，并且注意下文说的一些细节问题
谈谈做分子动力学模拟什么时候适合用NPT和NVT系综
http://sobereva.com/761（http://bbs.keinsci.com/thread-57835-1-1.html）

trjconv结合-ur tric -pbc mol转换轨迹。