|
把计算的谱图的200~400nm部分的纵轴拉大看看。 可能这个体系在200~400nm有一个弱信号,150~200nm有一个强信号,两个信号形状相似;实验的波长范围只能测到弱信号。如果y轴按照强信号来设置,就会得到计算信号和实验信号差一个平移的错误结论,其实两个信号可能毫无关系,计算也未必不准确 |
| 参与人数Participants 1 | eV +5 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
|
| + 5 |
czhang8 发表于 2026-2-20 08:55 不是异构体,而是不同构象 从你当前结构ECD计算结果来看,在更高波长是有激发态的,只不过没有显著ECD信号而已。其它构象说不定就明显了,ECD对构象极为敏感。另外从泛函角度来说,本身低HF成份的PBE0也不会有显著蓝移的问题 |
wal 发表于 2026-2-19 18:31 明白啦!感谢! |
本帖最后由 wal 于 2026-2-20 10:35 编辑 czhang8 发表于 2026-2-20 10:19 https://www.faccts.de/docs/orca/5.0/tutorials/spec/ECD.html ORCA做ECD的教程里提到了校准的做法,只是没详细说 https://cloud.tencent.com/developer/article/1668641 拿uv校准ECD我是从这里学的,这篇文章的作者我了解,还算靠谱。原理上也说得通,这不就是拿uv光谱看看TDDFT误差有多少,帮ECD填上么。所以我觉得这个做法应该没问题,可以写进文章。 另外uv也是要构象权重的 不过关于 我说单位是nm是因为看见你这里写的是波数 |
| 参与人数Participants 1 | eV +5 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
|
| + 5 | 谢谢分享 |
wal 发表于 2026-2-19 17:19 x轴单位是nm不是波数吧 对的,单位是nm 但是我看实验和计算的x轴都是【物理量:波长 单位:nm】呀,应该是一致的吧。 有计算的UV,但是比实验的形状差的有点多,我们计算的峰展的蛮宽的看起来就不像(虽然也是双峰) 这个Δ可以用于发表的时候说明吗?还是只能convince自己呀 ![]() |
czhang8 发表于 2026-2-20 08:55 x轴单位是nm不是波数吧 如果你有实验的紫外光谱可以考虑把tddft的uv光谱做出来然后对比一下实验uv,看看蓝了多少,用这个Δ值给ECD手动做个校准看看对不对得上 |
| 参与人数Participants 1 | eV +3 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
|
| + 3 | 谢谢 |
sobereva 发表于 2026-2-19 16:44 非常感谢sob老师的指导和提醒! 我会去做一下构象搜索再组合。 不过关于 各种手性异构体的理论预测结果(140-210 cm-1) 在实验结果的波长区间(220-300 cm-1)都没有峰这个情况,我想各种线性组合也没法把0叠出峰呢,依然比较困扰。不过我也会进一步和实验组沟通他们的条件,我想温度可能也有影响吧 再次感谢!我会和您反馈之后的结果的 |
czhang8 发表于 2026-2-20 08:25 在满足Lamb-Beer定律区间不受影响。如果被测物质在溶液里存在聚集(浓度越高越可能出现),就不适合当做单分子计算 但凡是柔性分子,都应当做构象搜索,推荐用免费的构象搜索程序molclus(http://www.keinsci.com/research/molclus.html)实现。并且如果进一步发现有不止一种构象出现概率超过5%(宽松一点10%),都应当在计算时考虑构象权重平均。 |
本帖最后由 czhang8 于 2026-2-19 16:44 编辑 sobereva 发表于 2026-2-19 15:42 谢谢sob老师,请问浓度是否有影响?怎么判断化合物是否属于受构象影响很大的类型? 该化合物和其所有手性异构体,预测的ECD谱图波长的整体区间 和实验结果都是错开了几十cm-1的,因此我想可能存在一个理论和实验上的系统性误差?您能给出一些指导可能是什么导致的吗?我想温度应该有影响,但是不显著? 另外记得您在博客里提到过TD-DFT的误差在0.1-0.3 ev,我对此不太理解,这换算到cm-1是否太大了? |
|
注意其它问题,诸如构象的选取、构象权重平均(下文)等等 使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱 http://sobereva.com/383(http://bbs.keinsci.com/thread-6186-1-1.html) 以及考虑计算用的结构、设定是否和实验中实际物质所处的实际状态一致 形状和实验一致但大幅蓝移很可能只是巧合 |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2026-2-21 21:49 , Processed in 0.401465 second(s), 26 queries , Gzip On.