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用CP2K计算NEB,每个NEB点都停留在Step1,且NEB.out不更新

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发布时间: 2026-2-24 01:18

正文摘要:

本帖最后由 Ying_Zhang 于 2026-2-24 01:59 编辑 麻烦各位老师提供一下建议。 计算89个原子的体系,在NEB.inp中,设置NUMBER_OF_REPLICA 9和NPROC_REP 48,提交任务时使用9个节点(每个节点48核)。不知道为啥 ...

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kirSTY 发表于 Post on 2026-2-26 15:30:35
Ying_Zhang 发表于 2026-2-25 18:16
sob老师,我的一个节点48核,现在每个结构89个原子,有10个NEB点,48个核够用吗?顺便想问一下,您一般如 ...

更改弹簧弹性、更改搜索步长、搜索算法等等,培训班有讲过的
sobereva 发表于 Post on 2026-2-26 05:42:40
Ying_Zhang 发表于 2026-2-25 18:16
sob老师,我的一个节点48核,现在每个结构89个原子,有10个NEB点,48个核够用吗?顺便想问一下,您一般如 ...

一个个排除各种可能导致异常的原因,诸如跨节点并行有问题之类,所以如果你觉得明显异常就先用单节点测试
然而当前的输出文件并没体现计算有什么必然的异常,副本的out文件可见正在跑着,NEB每一步所有image优化收敛时主out文件才会有新的信息输出并开始跑NEB下一步。搞清楚计算逻辑,结合实际耗时自行判断是什么情况

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Ying_Zhang 发表于 Post on 2026-2-25 18:16:16
sobereva 发表于 2026-2-25 04:11
确保单节点跑没问题再说多节点的事,避免把问题复杂化
从副本的out文件来看正在跑着,并非异常卡住

sob老师,我的一个节点48核,现在每个结构89个原子,有10个NEB点,48个核够用吗?顺便想问一下,您一般如何选择节点数,基于您体系的原子数量,以及NEB/结构优化/能量计算任务,感谢sob老师回复。
Ying_Zhang 发表于 Post on 2026-2-25 18:12:17
kirSTY 发表于 2026-2-25 08:12
正常的,主函数需要尝试不同NEB步长,会要求各副本进行多次SCF计算以提供主函数所需的力、能量等数据,直到 ...

是的,我后面又拿培训班的例子跑了一下,发现NEB.out文件有更新,且相应NEB的点out文件也进行到70多步,没有像我自己的模型,一直卡在第一步,不更新,不是软件的问题。不过,麻烦请问一下,如何调整参数,使这个时间缩短,5个小时都没更新到Step1,始终在Step 0。感谢回复。
Ying_Zhang 发表于 Post on 2026-2-25 18:07:16
kirSTY 发表于 2026-2-25 08:12
正常的,主函数需要尝试不同NEB步长,会要求各副本进行多次SCF计算以提供主函数所需的力、能量等数据,直到 ...

是的 我拿培训班的例子跑了一下 后面out文件有更新 NEB.out也更新 不是软件的问题 不过想问一下 有没有减少这个时间的方法 跑了很长时间很多点都没更新到Step1 太慢了 感谢回复
kirSTY 发表于 Post on 2026-2-25 08:12:24
正常的,主函数需要尝试不同NEB步长,会要求各副本进行多次SCF计算以提供主函数所需的力、能量等数据,直到主函数找到能量下降的点才会更新新的一步out点位。

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northern_mar + 1 谢谢

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sobereva 发表于 Post on 2026-2-25 04:11:11
确保单节点跑没问题再说多节点的事,避免把问题复杂化
从副本的out文件来看正在跑着,并非异常卡住

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