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发布时间: 2026-2-26 16:37
正文摘要:使用gromacs计算一个MOF超胞(由8个晶胞组成)材料和3个有机分子MOL在水环境中的相互作用，构建的立方盒子，边长5.3 nm，设置了不同的cutoff（ rcoulomb和rvdw=1.2/1.5/2.6 nm ）取得了不同的能量（如下图1），特别是 ... |
sobereva 发表于 2026-2-28 22:57 好的，谢谢老师 |
SSS 发表于 2026-2-28 16:04 用官方的推荐设置 |
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是的，可以这么理解，这个是官方推荐的参数。 具体的benchmark可以看charmm的作者课题组发表的一系列文章。 里面还有其他的截断，电荷方案等等。 需要注意一点的是，因为charmm常常要搭配cgenff，而cgenff的电荷方案非常封闭，所以我的建议是除非有文献特别说明了必须用charmm36，否则可以改用amber & gaff2/ OPLS-AA系列。 |
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你要知道很多力场在做测试的时候，有一个cutoff的使用标准。也就是说很多参数是在固定cutoff或者某cutoff区间下refine出来的。 所以并不是一味增大cutoff就会更准，有时候反而会出现吸引过强的情况。 如gaff和opls-aa都是12.5A左右。 |
sobereva 发表于 2026-2-26 16:48 好的，谢谢老师，看了新手发帖还是粗心了。 |
| 看清楚板块再发贴，求助学术贴不得发到“公社大厅”板块，公社大厅板块http://bbs.keinsci.com/forum-79-1.html版头超级巨大的红字提示得极其明确。这次给你移动了，下次如果普通学术求助帖再发到“公社大厅”板块，直接删帖+记违规+扣分处理。 |
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