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求助杂化溶剂簇的构象搜索报错

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发布时间: 2026-3-1 16:35

正文摘要:

我想研究醇盐溶于醇时形成的溶剂化簇结构,故需要对溶剂化簇进行构象搜索,开始使用了sob老师开发的genmer+molclus工作流,但是优化出的最优能量结构往往出现锂离子被烷基包裹的不合理结构,这可能是genmer生成簇初 ...

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Kevin_Chen 发表于 Post on 2026-3-1 23:16:14
sobereva 发表于 2026-3-1 21:01
用动力学的方式(如xtb在GFN2-xTB下跑)产生traj.xyz并结合molclus做构型搜索就完了,这是对当前体系我最推 ...

万分感谢sob老师的指点
sobereva 发表于 Post on 2026-3-1 21:01:09
用动力学的方式(如xtb在GFN2-xTB下跑)产生traj.xyz并结合molclus做构型搜索就完了,这是对当前体系我最推荐的方式,参考下文。动力学过程中自然会自发调整离子与溶剂的结合方式
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

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