Jiang127127 发表于 2026-3-3 14:57
谢谢老师！我的分子较多，也有环状分子，不太适合这两张方法。

你这些体系里虽然有环，但环是刚性的、不需要考虑环的不同构象，因此gentor、confab的做法完全适用

Stardust0831 发表于 2026-3-4 13:29
动力学平衡不等于能遍历所有可能的构象哦，因为困在某个极小点附近也能能量稳定，但无法满足构象搜索时“ ...

嗯嗯，谢谢老师指导！

Jiang127127 发表于 2026-3-3 16:08
解决了，画能量随时间变化曲线即可：

动力学平衡不等于能遍历所有可能的构象哦，因为困在某个极小点附近也能能量稳定，但无法满足构象搜索时“遍历尽可能多构象”的需求。

Jiang127127 发表于 2026-3-3 14:57
谢谢老师！我的分子较多，也有环状分子，不太适合这两张方法。

那个环状不需要搜，相对来说是刚性的，构象有限。

Stardust0831 发表于 2026-3-3 14:12
这里可以自由旋转的单键都不算很多，或许可以试试看这两个方法：《gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工 ...

谢谢老师！我的分子较多，也有环状分子，不太适合这两张方法。

这里可以自由旋转的单键都不算很多，或许可以试试看这两个方法：《gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具》《将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索》
这样就省得跑动力学了，方便很多，而且对势能面采样得较为均匀全面，不容易漏掉极小点。不会像高温动力学模拟那样依赖参数和初始构象。