如何找到合适的xtb动力学模拟参数？

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发布时间: 2026-3-3 10:31

想要对分子进行构象搜索，搜索出来的构象用于描述符提取，请问应该如何确定搜索到的构象够全面了？在阅读Sob老师的帖子：使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 - 量子化学 (Quantum ...

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Jiang127127 发表于 Post on 18 min ago

Stardust0831 发表于 2026-3-3 14:12
这里可以自由旋转的单键都不算很多，或许可以试试看这两个方法：《gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工 ...

谢谢老师！我的分子较多，也有环状分子，不太适合这两张方法。

Stardust0831 发表于 Post on 1 hour ago

这里可以自由旋转的单键都不算很多，或许可以试试看这两个方法：《gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具》《将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索》
这样就省得跑动力学了，方便很多，而且对势能面采样得较为均匀全面，不容易漏掉极小点。不会像高温动力学模拟那样依赖参数和初始构象。

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