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求助：GROMACS建模环肽体系，如何参数化非标准硫缩醛桥（-S-CH2-S-）

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发布时间: 2026-3-6 00:08

正文摘要:

求助各位老师，尝试对环肽进行溶液体系建模时遇到了困难，肽段包含一个非标准的硫缩醛桥（-S-CH2-S-）连接 Cys3 和 Cys12 前期思路是把 -CH2- 当成一个两端与 Cys 成键的共价配体来处理，因为它看起来就是在二硫键 ...

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student0618 发表于 Post on 1 hour ago

本帖最后由 student0618 于 2026-3-6 02:50 编辑

参考以下帖子当1-3个非标准残基处理，始终连起来partial charge要重算的。其他项还可搬力场类似的成键参数将就用。

Gromacs非标准氨基酸残基的蛋白MD建模：sobtop产生rtp文件
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 57309&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

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