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GOMACS-VMD绘制空间分布函数SDF结果图求教

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陈大名

发布时间: 2026-3-6 20:34

正文摘要:

各位老师好，我使用了GROMACS做酰胺从水溶液中萃取钼过氧化物的分子动力学模拟，两种分子使用Gaussian进行结构优化和频率计算，再用sobtop生成itp文件，分子动力学模拟过程中1个Mo过氧化物分子冻结在中央，200个酰胺 ...

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sobereva 发表于 Post on 4 hour ago

你先确保动力学轨迹跑得确实没问题，计算sdf之前对轨迹做了align消除了溶质的平动

VolMap Tool里如果用Gaussian函数平滑化时宽度设得太大，会导致等值面偏向于球形，适当调节
文献那样的图，需Gaussian展宽不能太大或者不做展宽，展宽越小尤其是不做展宽时，需要越多的帧数才能得到平滑的等值面

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