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如何在gromacs中分析化合物的水合动力学

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流卡瓦

发布时间: 2026-3-7 16:56

正文摘要:

我想实现论文中利用分子动力学解释依克多因的强结合水能力，与甘油和纯水模型进行比较，请教具体应该如何实现，要修改哪些参数。

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2026-3-9 10:36:25

用GROMACS跑分子动力学，有机分子用sobtop产生GAFF力场的拓扑文件结合Multiwfn算的RESP2(0.5)原子电荷，水用主流的SPC/E模型。之后对轨迹进行分析，推荐用amIGM：
使用amIGM方法图形化直观展现动态过程中的平均弱相互作用
http://sobereva.com/759（http://bbs.keinsci.com/thread-57317-1-1.html）

还可以分析空间分布函数、对部分MD的帧用VMD观看结构讨论

如果不会用GROMACS的话，推荐通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）完整学习，全过程就一次性都会了

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