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发布时间: 2026-3-9 09:53
正文摘要:本帖最后由 hhcs 于 2026-3-9 09:56 编辑 大家好，刚接触GROMACS不久，在模拟小分子物质在纤维素体系下扩散时候遇到以下问题： 最开始使用2018版本进行模拟，由于单独的PR压浴总是报错，故选择了先进行了500Ps的 ... |
yuzc 发表于 2026-3-11 14:47 好嘞好嘞，感谢您的回复，我尝试一下 |
sobereva 发表于 2026-3-11 06:33 谢谢社长，我先增加一下分子数量 |
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无定形纤维素是有链刚性的，自己写一个循环退火脚本或者参考EQ21方案充分松弛你的体系。 您可以从高分子物理的角度去判断多糖类聚合物的链松弛问题。 |
| 278K的截图里存在大量真空区，一看就明显不合理。当前当前体系也太小了。PS：被统计的同种分子越多，统计误差越小、MSD曲线越容易光滑。MSD末端统计误差相对大，不需要考虑） |
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