sobereva 发表于 2022-2-5 05:21 谢谢sob老师的耐心解答，问题解决啦！ |
含光君 发表于 2022-1-26 02:29 分清楚/sob和/home/sob 你的截图里显示程序试图从/sob/gmx2018.8/share/gromacs/top里找，但你的文件夹截图里目录是/home/sob/...略（亦即~/sob/...略） |
sobereva 发表于 2017-9-27 22:43 @sobereva sob老师您好，我在按照gromacs培训班视频练习时也出现了和这位同学一样的问题。按照教程我在54a7力场目录下建立了atomname2type.n2t文件并写入了相应内容，经检查力场目录及文件内容都无误，可是生成top文件时依然报错No or incorrect atomname2type.n2t file found.（如图） 
请问是否可能因为文件内空格/制表符/末尾空行不同导致上面这样的错误发生呢？期待您的指导，谢谢老师！ |
sobereva 发表于 2017-10-5 23:26 我是三个方向都用了pbc。看来如果只xy方向用的话，要用NVT了吧。 老师我想请教一下，如果想给金属板或石墨板加电势该怎么操作呢？是每个金属原子带相同量的电荷，还是只表面一层金属原子带电荷，还是其他的操作？怎么知道系统是带几伏的电势？ 谢谢您 |
mz325 发表于 2017-10-5 22:43 如果z方向不用pbc的话，一个麻烦是有可能模拟过程中有分子逸出，越跑越远，导致研究的对象当中分子数目越来越少，还可能逸出的分子坐标最后变得巨大，影响观看和分析。 |
sobereva 发表于 2017-10-4 11:53 好的，谢谢您啦。我现在试着运行一个体系，看最后盒子会成什么样子吧:) 对了，我在固液上方留了vaccum space而且用了pbc。不知道是否应该只在xy方向pbc。 |
mz325 发表于 2017-10-4 05:42 稍微移位几个没什么关系，而且现实中说不定也会有少许移位。模拟一个平面金属板，表面的金属不会移位的，容易移位的都是边边角角的地方。不用固定，但固定了也没问题。 mdp没有什么特殊的。 |
sobereva 发表于 2017-9-27 11:23 Sobereva老师您好，我在别处找到了您“在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程”的教程，试着做了一下真空中金属板的平衡，结束后发现体系确实结实，但原子有稍许移位。所以想问一下，要是把金属板和液体结合起来模拟固液界面液体分子排布，金属板原子移位对其有影响吗？是否需要特别规定固定金属原子？另外固液体系的mdp 文件该怎么处理？ 以液体的mdp 文件为准吗？ 谢谢您啦 |
本帖最后由 mz325 于 2017-9-28 09:38 编辑 sobereva 发表于 2017-9-27 22:43 我搞定啦！之前是放错了文件夹，应该放到local那个。抱歉啦。 |
mz325 发表于 2017-9-27 22:29 文件名是atomname2type.n2t么？选的力场确实是这个力场么？ |
sobereva 发表于 2017-9-27 11:23 谢谢您。 我把那个n2t文件放在文件夹share/top/gromos54a7.ff 文件夹下面，然后把您给的三行content复制粘贴过去的。不知道这跟版本有没有关系？我用的是gromacs 2016.1 （也是看您的教程安装哒：） |
mz325 发表于 2017-9-26 05:09 金属板这种体系每个原子当做独立的粒子，例如金属团簇+水体系 #include "gromos54a7.ff/forcefield.itp" #include "gromos54a7.ff/spce.itp" [ moleculetype ] ; molname nrexcl AU 1 [ atoms ] ; id at type res nr residu name at name cg nr charge mass 1 AU 1 AU AU 1 0.0 196.9665 [ system ] Au_rod [ molecules ] AU 41385 其中AU的参数定义已经合并到了forcefield.itp里引入的atomtypes了 第二个问题是程序没找到n2t文件，放的位置不合适或者没写 |
sobereva 发表于 2017-9-8 07:46 谢谢您的回答。可否指点一下如何生成topology file呢？尤其是metal slab 或者mica之类的，原子数目多，还有自由原子。我们对于小分子都是手写topology，遇到这种solid slab，就不能手写了吧？我们组没人有经验，希望您可以教一下。谢谢啦 P. S. Sobereva老师，我看到您的CNT模拟的教程，但是练习的时候说 “No or incorrect atomname2type.n2t file found", 不知道是什么情况。 |
mz325 发表于 2017-9-8 04:24 把固体上面扩展出一定大小的真空层，填充液体分子就完了 |
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