单键还是双键无所谓的，氢原子的数目需要对好，别本来应该是双键的氧，然后你给加一个氢，那就不合理了

那是可视化软件如pymol 按距离判断的事，和gmx无关。gmx只看力场参数，而力场参数没单双键这事，只有成键参数。