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拟合二面角参数,初始构型原子间距过近

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发布时间: 2026-3-10 23:07

正文摘要:

对该分子的二面角从0度扫到180度进行柔性扫描时(后续要拟合MD中力场的二面角参数),0度会导致分子初始构型原子间距过近,gauss报错: 1.请问老师们,是否一定要扫描0度构型的势能面? 2.如果要对该分子拟合二面 ...

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sobereva 发表于 Post on 2026-3-11 06:17:16
看不出你这是什么结构。给个极小点结构的图
注意做柔性扫描前应当把复杂体系恰当简化,使得扫描的曲线基本只反映那一个键旋转本身带来的能量变化,而尽可能避免周围的基团产生的影响。比如GLYCAM对糖涉及的一种二面角扫描时用的模型体系:

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