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发布时间: 2026-3-13 18:21
正文摘要:我在使用gromacs对蛋白-蛋白复合体进行对接时出现以下图中报错该怎么处理，我是按照教程走的，在进行真空中能量最小化时出现报错；同时我也参考了网上的其他教程，先添加离子再进行能量最小化就不会出现出现这种报错 ... |
sobereva 发表于 2026-3-14 07:59 明白了，感谢老师 |
student0618 发表于 2026-3-13 23:51 好的，感谢老师 |
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真空下做蛋白质的能量极小化毫无意义，如果有哪个教程让你这么做完全就是误导。实际的真空下和水环境下蛋白质残基的质子化状态完全不同，而如果直接用水环境的质子化状态（很多残基带电）在真空下做计算，那是极为不稳定的，就算不报错结果也毫无意义，构象可能都严重破坏了。 顺带一提，如果想完全正确地且十分全面系统地学习怎么做模拟，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）是最好学习渠道。网上很多教程净是误人子弟的，内容还零七八碎，不具体也不系统 |
| 没什么必要在真空跑的，一般直接加水和抗衡离子来跑em就可以了。 |
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