@student0618 是您说的问题，现在已经用您提供的力场跑上了，十分感谢

syd 发表于 2026-3-19 12:04
@student0618 ，老师，我把您提供的力场解压了，麻烦您告诉我一下是以下图片中的哪个名称吧？我是需要把我 ...

topol.top 的include写了什么？
解压后的力场包放同一目录后，topol.top中引用的include要换新力场包的名字。现在看9楼的图是amber19sb which is 2025版力场包的名字。

或者简单一点，删掉2025力场包，重跑pdb2gmx选2024兼容力场包

syd 发表于 2026-3-19 10:27
老师，是这个吗？麻烦您帮我看一下

是的。可以看看我二楼连结那力场包打开后叫什么。
include amber19sb.ff 那几行换成新的力场包名字

syd 发表于 2026-3-18 22:12
我看过小分子的itp文件，第60行根本不是C。所以有点迷茫了

topol.top 写什么？ 我2楼贴的连结解压后力场叫什么？

xylhl 发表于 2026-3-18 22:07
错误提示里说了，cmap.itp文件中有位置的原子类型。我的建议，按照错误提示解决，打开你的itp文件查看这个 ...

我看过小分子的itp文件，第60行根本不是C。所以有点迷茫了

错误提示里说了，cmap.itp文件中有位置的原子类型。我的建议，按照错误提示解决，打开你的itp文件查看这个原子类型是不是有误，直接修改第60行的碳原子类型给它一个编号试一试

student0618 发表于 2026-3-18 21:15
换2024兼容力场后有没有改top文件引用的力场？

没有实际文件很难猜，如果不用保密最好提供。

您好。我是请工程师帮我安装的（自己这方面能力有限），请问我该怎么提供“换2024兼容力场后有没有改top文件引用的力场？”这方面的文件？我打开top文件，看见有19sb力场被引入，还需要引用其他的吗？我现在没在电脑跟前，明天我去看看，谢谢

换2024兼容力场后有没有改top文件引用的力场？

没有实际文件很难猜，如果不用保密最好提供。

您好，我用您提供的19sb兼容力场进行了替换还是不行，报一样的错误。

之前蛋白力场用amber99sb-ildn，不会出错。

自己后续尝试过的措施有：
1、下载安装兼容的19sb力场
2、在1的基础上，acpype时，将-a gaff换成-a amber
3、在1、2的基础上，将主top文件中的整个[cmap]字段删除。

仍然是一样的报错

现在怀疑，最大的问题是不是力场选择以及Gromacs不兼容，选择Amber14sb会不会好点？

主要想让模拟的精度再好点，有没有必要改变力场？还是以前的Amber99SB-ILDN就可以了？

那有cmap的版本要2025以后的gmx才支持。

2024 用这个http://bbs.keinsci.com/thread-54094-1-2.html