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gmx hbond计算氢键出现边缘网格内存分配缺陷错误：415/905段错误 (核心已转储)

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小柳树

发布时间: 2026-3-16 17:30

正文摘要:

在CHARMM力场下进行gromacs常规分子动力学模拟100n后想计算蛋白组和配体组氢键数量随时间的变化，命令如下 1. 迹预处理 >echo "0" | gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -pbc whole -o traj_pbc ...

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sobereva 发表于 Post on 2026-3-19 07:48:22

小柳树发表于 2026-3-18 15:39
您好，老师，我刚才尝试了一下，命令如下
gmx hbond -f traj_processed.xtc -s md.tpr -num hbond_total ...

如果确保轨迹没问题，VMD里都能正常查看，换个gromacs大版本再试

小柳树 发表于 Post on 2026-3-18 15:39:14

sobereva 发表于 2026-3-18 06:19
去掉-dt设置，以及尝试用-b和-e选中其中一小段轨迹进行分析再试看看情况

您好，老师，我刚才尝试了一下，命令如下
gmx hbond -f traj_processed.xtc -s md.tpr -num hbond_total.xvg -g hbond_log.log -hbn hbond_pairs.index -b 20000 -e 50000
但还是提示：Merging hbonds with Acceptor and Donor swapped
415/905段错误 (核心已转储)
这样子的错误

sobereva 发表于 Post on 2026-3-18 06:19:22

去掉-dt设置，以及尝试用-b和-e选中其中一小段轨迹进行分析再试看看情况

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