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柔性扫描能量骤降结构骤变是为什么

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dbxhtw

发布时间: 2026-3-17 18:12

正文摘要:

本帖最后由 dbxhtw 于 2026-3-17 18:34 编辑求助，做了一个氯自由基和有机小分子反应抽氢的过程，由于一直找不到过渡态，所以做了柔性扫描，发现有一处能量骤降，请老师们帮忙看看这个反应是否有能垒并且过渡态 ...

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Stardust0831 发表于 Post on 2026-3-18 16:04:15

是这样的，即使Cl把H抽走了，由于这是个孤立体系，可能还是HCl的H指向丢了H的C的时候能量更低，可能做不到HCl直接分开出去。或者说真正的反应的生成物得是溶剂化后的HCl。要描述好这种反应，或许得上混合溶剂模型（隐式+显式），甚至配个小溶剂球跑metadynamic了（你CV可以是两个键长的线性组合、设一个CV就行），ORCA就可以实现这种带边界约束和增强采样的分子动力学模拟，详见手册https://www.faccts.de/docs/orca/ ... n.html#metadynamics

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fatpig 发表于 Post on 2026-3-18 09:54:15

处理Cl离子或者Cl自由基，最好加几个显式溶剂分子，将其用卤键或氢键固定住...

KazusaT 发表于 Post on 2026-3-17 22:49:05

dbxhtw 发表于 2026-3-17 20:35
这两个点都试了，振动方向都不是正确的

那样的话你可以参考4#的建议，试试更换扫描变量
根据经验这个攫氢一般是C-H-Cl为直线，你也可以试试冻结这个键角
如果确实难找到你也可以试试用ORCA的NEB-TS

阮文升-河内国大 发表于 Post on 2026-3-17 20:47:40

（1）键长不仅可以从长往短扫，也可以从短往长扫。
（2）4-5（C-H）、12-5（Cl-H）这两个键长都可以扫扫看。

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dbxhtw 发表于 Post on 2026-3-17 20:35:37

KazusaT 发表于 2026-3-17 18:23
能量骤变感觉主要是因为小分子的构型有很大的改变，能明显看出来C1-C4的构型不一样了
你可以试试用这两个 ...

这两个点都试了，振动方向都不是正确的

KazusaT 发表于 Post on 2026-3-17 18:23:03

能量骤变感觉主要是因为小分子的构型有很大的改变，能明显看出来C1-C4的构型不一样了
你可以试试用这两个结构做opt=TS看能不能找到

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