求助：用Gromacs模拟时 atom name不匹配的问题

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发布时间: 2026-3-17 20:42

各位老师好！我这两天正在复习sob老师的gromacs笔记想复刻下在培训班资料中的SDS稳定水球的模拟，正好组内有同学在做油水分离，所以我也尝试了下构建SDS稳定的正己烷油滴乳液在水中和已经羧基化之后的PAN纤维表面 ...

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Yiliuvito 发表于 Post on 2026-3-18 12:36:26

pal 发表于 2026-3-18 09:40
自行调整gro文件里面的顺序不就好了，比如通过grep把NA的行全部抓出来放在最后面，然后把前面的全删掉，如 ...

十分感谢您提供的思路！

Yiliuvito 发表于 Post on 2026-3-18 12:36:10

sobereva 发表于 2026-3-18 05:27
先插入所有阴离子再插入所有阳离子，只要实际模拟没崩溃就没关系，不一定非得一对对插入。按离子对插入的话 ...

收到，谢谢老师！

pal 发表于 Post on 2026-3-18 09:40:43

自行调整gro文件里面的顺序不就好了，比如通过grep把NA的行全部抓出来放在最后面，然后把前面的全删掉，如果第一列提前命名好的话，也可以全部用grep重新排列一遍

sobereva 发表于 Post on 2026-3-18 05:27:15

先插入所有阴离子再插入所有阳离子，只要实际模拟没崩溃就没关系，不一定非得一对对插入。按离子对插入的话，[molecules]里必须对应地写

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