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请教GROMACS退火异常的结构是否能够忽略

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发布时间: 2026-3-19 21:29

正文摘要:

我的体系为短肽-铵根。我使用GROMACS对体系进行了退火操作,目的是用于后续的Molclus调用xtb批量优化,再用ORCA等软件计算结合能。 我的退火程序为一、加热 10 K → 400 K,用 50 ps 二、30 ps 400K高温平衡 三、冷 ...

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sobereva 发表于 Post on 2026-3-19 23:51:26
如果用周期边界条件做动力学,要么动力学过程中要求消除体系平动,要么用trjconv结合-nojump去除周期性记录坐标,否则看着都费劲
student0618 发表于 Post on 2026-3-19 23:01:09
先处理好pbc再分析及提取结构。

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