计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

请教GROMACS退火异常的结构是否能够忽略

查看数: 325 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2026-3-19 21:29

正文摘要:

我的体系为短肽-铵根。我使用GROMACS对体系进行了退火操作,目的是用于后续的Molclus调用xtb批量优化,再用ORCA等软件计算结合能。 我的退火程序为一、加热 10 K → 400 K,用 50 ps 二、30 ps 400K高温平衡 三、冷 ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2026-3-19 23:51:26
如果用周期边界条件做动力学,要么动力学过程中要求消除体系平动,要么用trjconv结合-nojump去除周期性记录坐标,否则看着都费劲
student0618 发表于 Post on 2026-3-19 23:01:09
先处理好pbc再分析及提取结构。

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-5-29 01:13 , Processed in 0.275167 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list