maoxinxina 发表于 2026-3-25 10:32 这个用GAFF力场指认原子类型，然后力常数基于Hessian计算得到的。 但不是说有机分子都得力常数全基于Hessian计算得到，可以参考这个 Sobtop http://sobereva.com/soft/Sobtop/ |
SharkYYX2025 发表于 2026-3-24 22:34 这个是用什么力场跑的。 |
maoxinxina 发表于 2026-3-23 13:08 我这个是把F换成OH，然后看整体，还是挺明显的。多元醇溶于水，氟代烷烃聚成簇 图有点糊，因为压缩了，不知为何无法上传大附件 
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SharkYYX2025 发表于 2026-3-23 00:55 这个能看出来CHF比CHOH中的CF比CH端更疏水吗。 |
KazusaT 发表于 2026-3-20 23:53 显式考虑水分子是指跑动力学，还是比如我放一个水分子笼（比如在疏水端考虑第一溶剂化壳层）就能反应这个效应呢。 |
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这个算法有文献依据吗？可能你的精度不理想。如果精确算了还是不符合实验，那我觉得可以试试分子动力学模拟。 我之前做了个含氟烷烃溶于水，还是比较明显疏水。你这个做了估计能得出想要的结果，可视化更有说服力
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“二者相减变化G大于0越多，就说明越疏水。”并不一定对，这只能说明溶解自由能的差别，并不体现溶解过程的熵效应（指周围溶剂层的熵效应） 例如这里的三氟甲基，只考虑隐式溶剂模型的情况下，一定比甲基亲水，因为极性更大，溶解自由能一定更大 你可以了解一下疏水相互作用，我认为你有必要显式考虑水分子 |
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严格按下文方式用SMD计算水中的溶解自由能，看是否相符 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html） 如果不能解释，尝试用Multiwfn计算下文介绍的我提出的MPI指数看是否能说明 谈谈如何衡量分子的极性 http://sobereva.com/518（http://bbs.keinsci.com/thread-14971-1-1.html） |
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