计算Fe3+和乙二醇配位结合能，请问初始构型和结果是否合理

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发布时间: 2026-3-23 13:41

各位老师好，学生想计算Fe3+和乙二醇的配位情况，这是我的输入文件，经过chem3D跑过最小能量 Fe-EG3 3 6 C -1.67620000 ...

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sxx123 发表于 Post on 2026-3-24 13:44:13

您好，我想问一下，如果用ORCA优化上述体系，opt TPSSh def2/J D4 def2-TZVP这样设置可以嘛

xzz111 发表于 Post on 2026-3-24 10:16:31

Stardust0831 发表于 2026-3-24 03:07
当前结构没问题。不必纠结你在gview里看到的所谓的成键，这个键显示与否不会影响DFT计算本身。

好的谢谢

xzz111 发表于 Post on 2026-3-24 10:15:45

阮文升-河内国大发表于 2026-3-23 18:53
要是距离没有明显异常就不用管。原因见：
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414

谢谢

Stardust0831 发表于 Post on 2026-3-24 03:07:04

xzz111 发表于 2026-3-23 17:31
您好老师，为什么我用PM6优化后，Fe-O键都断裂了

当前结构没问题。不必纠结你在gview里看到的所谓的成键，这个键显示与否不会影响DFT计算本身。

阮文升-河内国大 发表于 Post on 2026-3-23 18:53:21

xzz111 发表于 2026-3-23 17:31
您好老师，为什么我用PM6优化后，Fe-O键都断裂了

要是距离没有明显异常就不用管。原因见：
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414

参与人数 Participants 1	eV +5	收起理由 Reason
北大-陶豫	+ 5	我很赞同

xzz111 发表于 Post on 2026-3-23 17:31:39

wzkchem5 发表于 2026-3-23 15:27
用xtb预优化，最次也得用高斯的PM6预优化。chem3d预优化对于过渡金属配合物非常不靠谱。
具体而言，Fe-O(H ...

您好老师，为什么我用PM6优化后，Fe-O键都断裂了

wzkchem5 发表于 Post on 2026-3-23 15:27:12

用xtb预优化，最次也得用高斯的PM6预优化。chem3d预优化对于过渡金属配合物非常不靠谱。
具体而言，Fe-O(H)R结构里，O要么是平面三角构型，要么是突出程度不大的三角锥。你的结构里有的氧的周边原子结构太扭曲了

xzz111 发表于 Post on 2026-3-23 14:20:00

李唯一发表于 2026-3-23 14:13
你这输入文件最后多加了4个****

谢谢这个对结果会有影响吗，

李唯一 发表于 Post on 2026-3-23 14:13:46

你这输入文件最后多加了4个****

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