请教GROMACS的xtc文件转为xyz文件

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发布时间: 2026-3-24 16:24

我的体系为短肽-配体。想通过GROMACS进行退火操作（每60ps一个周期)，然后取帧用于后续的xtb计算优化我看老师的帖子使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 http://bbs.keinsci.com ...

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王涛 发表于 Post on 2026-3-24 19:55:37

student0618 发表于 2026-3-24 18:27
单个轨迹用vnd转换完整教程见：
http://bbs.keinsci.com/thread-41215-1-1.html

感谢大佬的分享！

王涛 发表于 Post on 2026-3-24 19:55:15

NGC626 发表于 2026-3-24 16:48
把xtc和gro文件同时拖到vmd里，然后选择另存为xyz就可以了

好的好的，谢谢

student0618 发表于 Post on 2026-3-24 18:27:53

单个轨迹用vnd转换完整教程见：
http://bbs.keinsci.com/thread-41215-1-1.html

批量用Python转换可试试以前我让LLM 帮忙写的脚本：
http://bbs.keinsci.com/thread-56436-1-1.html

NGC626 发表于 Post on 2026-3-24 16:48:06

把xtc和gro文件同时拖到vmd里，然后选择另存为xyz就可以了

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