王涛 发表于 2026-4-30 09:57 构象搜索全程用molclus，这是最佳选择。我不回答任何其它方式做构象搜索牵扯到的问题 GFN-FF不能叫GFNFF-xTB 严格照着我的molclus教程的示例做 不能光靠数目选取下一步要保留的构象/构型，显然要考虑能量差 没法像MMPBSA/MMGBSA那样分解出各个残基的贡献 |
王涛 发表于 2026-4-28 20:47 小肽用量子化学计算结合自由能必须考虑构象搜索 参考 构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html Molclus FAQ http://sobereva.com/730（http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html） gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具 http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html 将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html |
sobereva 发表于 2026-3-28 04:41 社长您好。我的原子数大概在118左右。 我参考您的帖子使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 5&fromuid=84268 (出处: 计算化学公社) 算出过结果，为-10.7kcal/mol，感觉和文献结果（-7.4kcal/mol）差的不是很多，而且文献里是真空环境我是溶液环境。算一个短肽-铵根体系能量的时间为28h，但是没加上算短肽自己能量的时间。 我最近尝试了用MMPBSA方法计算，发现结果不是很理想。具体在请教gmx-mmpbsa计算结果有误 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9&fromuid=84268 (出处: 计算化学公社) 我看帖子离有人回复说我的原子数不多的情况下，可以用量子化学的方式去计算两者的相互作用能 但是我担心用量子化学没法考虑构象影响，逻辑上又漏洞 我目前有两个想法 1.转回用量子化学 2.继续用MMPBSA，找能让配体稳定在结合口袋附件的方法 请问社长觉得哪个更好一些？ |
sobereva 发表于 2026-3-28 04:41 好的，谢谢社长的解答！ |
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1 只能对短肽和配体结合在一起的轨迹区段进行MMPBSA计算。 2 MMPBSA和量子化学计算结合自由能有天壤之别。前者是在力场和PBSA溶剂模型下做，后者是在量子化学方法下通常结合PCM及变体下做。前者能考虑动态平均效应（动力学采样），而后者属于通常只对单一结构（至多是考虑构象权重平均）计算结合自由能。并且前者必须跑动力学得到轨迹（因为MMPBSA要对每一帧计算并取时间平均），而后者不需要（但需要有构型/构象搜索过程）。 当动态效应显著而必须考虑的时候，比如MD过程中发现结合状态下分子构象、结合模式有反复不可忽视的变化，则应当用MMPBSA。而如果结合状态下体系刚性较强，而且体系规模是量子化学方法算得动的情况，用恰当的量子化学方法算结合自由能精度往往更高。 显然MMPBSA原理上就不存在什么“更近一步的高精度计算”，因为和构象/构型搜索+量子化学方式静态计算根本就不是同一个路子 3 不能 对于你当前的情况，根据你对MD过程的描述，MMPBSA应当是首选 |
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