求助做酮珞分（KTP）和羟丙基β环糊精（HPBCD）的分子对接遇到了假阳性的问题

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lkd

发布时间: 2026-4-1 17:04

大佬们好哇，现在在做酮珞分（KTP）和羟丙基β环糊精（HPBCD）的分子对接遇到了假阳性的问题，想问一下解决办法，KTP和HPBCD的结构都是Pubchem下载的，只不过为了和文献中的实验数据验证，HPBCD选用了文献中同款商品 ...

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KazusaT 发表于 Post on 2026-4-2 01:14:54

如果你想要他在环糊精内的结果，就手摆一个然后用xtb简单跑个动力学看看。这个分子不进入空腔也有可能啊。

student0618 发表于 Post on 2026-4-1 18:39:34

负数不算是假阳性的，要了解scoring function的定义。

可以试试盒子设小些，或者跑MD采样几个环糊精构象再docking。

或者直接用MD各种不同方法如umbrella sampling采样

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