关于DCM溶剂中有机阳离子和配合物阴离子在进行npt时碎裂的疑问

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发布时间: 2026-4-2 09:51

本帖最后由 resp 于 2026-4-2 14:16 编辑体系中包括一个有机阳离子（包含一根烷氧基氧上孤对电子对碳正离子的配位键，在通过sobtop生成拓扑文件时已经当作键连上了，原子间距离较大 ...

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resp 发表于 Post on 2026-4-2 14:42:29

student0618 发表于 2026-4-2 14:07
先跑单个分子/配合物试试，很可能是参数不对。
可以看看sobtop的FAQ

我尝试对阳离子在真空里跑了一次模拟，没几步就崩溃了，应该是用sobtop生成拓扑文件的时候哪里操作有问题，我之后重新做一次。谢谢指导！

student0618 发表于 Post on 2026-4-2 14:07:32

resp 发表于 2026-4-2 13:56
gmx trjconv -s npt-heat.tpr -f npt-heat.xtc -o centered.xtc -pbc mol -center这样处理过了，将阳离子 ...

先跑单个分子/配合物试试，很可能是参数不对。
可以看看sobtop的FAQ

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resp 发表于 Post on 2026-4-2 13:56:07

student0618 发表于 2026-4-2 13:48
有没有先用我3楼提到的trjconv处理？

gmx trjconv -s npt-heat.tpr -f npt-heat.xtc -o centered.xtc -pbc mol -center这样处理过了，将阳离子放在中间，最后输出整个系统。整个nptheat没跑完就报错停了，这是在中断前记录的轨迹变化

student0618 发表于 Post on 2026-4-2 13:48:26

resp 发表于 2026-4-2 13:39
我重新看了一下轨迹文件，阳离子确实是被连续拉碎的，请问这是为什么@student0618

有没有先用我3楼提到的trjconv处理？

resp 发表于 Post on 2026-4-2 13:39:38

KazusaT 发表于 2026-4-2 11:50
确定不是周期性没处理好吗

我重新看了一下轨迹文件，阳离子确实是被连续拉碎的，请问这是为什么@student0618

student0618 发表于 Post on 2026-4-2 12:41:30

先用trjconv -pbc mol处理好再说。

KazusaT 发表于 Post on 2026-4-2 11:50:53

确定不是周期性没处理好吗

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