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求助CP2K做周期性MD过程中团簇成键诡异、团簇解体

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发布时间: 2026-4-3 11:47

正文摘要:

请教老师,我做团簇-气体吸附体系,想通过CP2K跑MD获得气体在团簇中的吸附位点初猜,图1是优化后的原胞,图2是在X方向扩胞后并放如单个气体分子(黑色虚线)的初始结构,但是其在CP2K中设置YZ周期性边界条件运行后如 ...

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cheng1 发表于 Post on 3 day ago
sobereva 发表于 2026-4-10 12:39
1 这事取决于体系、模拟温度、初始结构等,没法简单估计。比如可能存在的吸附位点越多,为了让吸附物有机 ...

十分感谢卢老师
sobereva 发表于 Post on 3 day ago
cheng1 发表于 2026-4-10 10:53
感谢老师,重新设置盒子后解决了该问题,结果合理。   
另外还想请教一下老师,我使用的纯泛函+DZVP-MOL ...

1 这事取决于体系、模拟温度、初始结构等,没法简单估计。比如可能存在的吸附位点越多,为了让吸附物有机会充分遍历各个可能位点,就需要越长的模拟时间

2 TZV2P-MOLOPT-GTH的BSSE问题很小,都可以不用counterpoise,结果比TZV2P-GTH强多了
cheng1 发表于 Post on 3 day ago
本帖最后由 cheng1 于 2026-4-10 11:08 编辑
sobereva 发表于 2026-4-5 03:27
设定严重不当,最显而易见的硬伤是不满足PSOLVER MT做二维周期性计算的要求,即必须非周期性方向上盒子尺寸 ...

感谢老师,重新设置盒子后解决了该问题,结果合理。   
另外还想请教一下老师,我使用的纯泛函+DZVP-MOLOPT-SR-GTH(加D3校正)做AIMD,目的是获得吸附位点,设置的步长1fs,步数7000步。
Q1:我这体系大概需要跑多少步?或者说怎么估算跑多少步合理?
Q2:  选择初猜结构后计算相互作用能,担心基组TZV2P-MOLOPT-GTH考虑counterpoise时计算耗时太高,使用TZV2P-GTH是否可行?
sobereva 发表于 Post on 2026-4-5 03:27:12
设定严重不当,最显而易见的硬伤是不满足PSOLVER MT做二维周期性计算的要求,即必须非周期性方向上盒子尺寸是有电子密度分布跨度的至少两倍
如果参加过北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/KFP),记得复习“能量的计算及相关问题”里面"低维体系的计算"一节,对这些关键知识介绍得没法更详细和清楚
cheng1 发表于 Post on 2026-4-3 12:04:13
maoxinxina 发表于 2026-4-3 11:53
你这里面没有图。

不好意思老师,我刚把图传上
maoxinxina 发表于 Post on 2026-4-3 11:53:19
你这里面没有图。

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